Спорот меѓу двете земји ескалираше веднаш по прогласувањето на независноста на Македонија од поранешна Југославија. Грција го блокираше приемот на земјата во ОН и признавањето од страна на Европската заедница и покрај позитивната препорака од т. н. Бадинтерова комисија.

Првичната грчка позиција на почетокот на 1990-те години беше дека во името на соседната држава не смее да се содржи зборот „Македонија“. Носители на таквата политика беа владата на премиерот Констанин Мицотакис, и подоцна особено шефот на дипломатијата Андонис Самарас. Самарас поднесе оставка и предизвика пад на владата на Мицотакис по приемот на Македонија во ОН под референцата БЈРМ.

На 13 септември 1995 година во Њујорк беше потпишана Привремената спогодба која требаше да води кон нормализација на билатералните односи. Претходно, на 6 јануари 1992 година, Македонија го смени државното знаме со симболот на сонцето од Вергина и Уставот во делот кој, според Грција,содржеше иредентистички позиции. Со тоа беше ставен крај и на 18-месечното трговско ембарго кон Македонија од Атина.

По спогодбата со Грција, Македонија успеа да се избори за меѓународно признавање под уставното име од 118 држави, како и да влезе во најзначајните европски и светски институции. Но, спорот остана да се влече и во децениите кои следеа. Посуштествени напори од двете страни да се реши спорот, според неофицијални информации, се направени во 2001 и 2005 година, но без успех.

Кон крајот на 2006 година, новата влада на ВМРО-ДПМНЕ предводена од Никола Груевски одлучи да го преименува аеродромот Петровец во Скопје во „Александар Велики“. Грција остро реагира, а спорот полека се враќа на голема врата, сѐ до целосната ескалација на самитот на НАТО во Букурешт во 2008 година.

И покрај обидите на медијаторот Метју Нимиц со засилени дипломатски напори и под притисок на САД да се изнајде решение за спорот до самитот на НАТО во Букурешт, тоа не се случи. Атина го блокираше приемот на Македонија во воената Алијанса. На 3 април 2008 година, НАТО му порача на Скопје дека поканата за членство останува отворена доколку се најде компромис со Атина за името.

Во ноември 2008 година, македонската влада одлучи да покрене тужба пред Меѓународниот суд на правдата во Хаг против Грција поради ветото во Букурешт. На 5 декември 2011 година, Судот пресуди во корист на Македонија и заклучи дека Грција ја прекршила Привремената спогодба. Но, во истовреме Судот заклучи дека нема правна сила да ѝ нареди на Грција да го повлече ветото.

Процесот што започна со преименувањето на аеродромот во Скопје во 2006 година, по самитот во Букурешт доби далеку пошироки димензии. Владата на ВМРО-ДПМНЕ започна со масовно преименување на објекти и улици и изградба на проектот Скопје 201, во чиј центар се наоѓа споменикот на Александар Велики (наречен Воин на коњ). Проектот чинеше повеќе од 600 милиони евра и ѝ донесе многу критики на земјата.

Иако преговорите околу спорот за името продолжија и во следните години, по самитот во Букурешт, ескалираа националистичките страсти и навреди меѓу двете држави. Грција остро реагираше на билбордот (на фотографијата) на кој грчкото знаме беше претставено со свастика. На слични провокации од грчка страна, особено од страна на грчката армија, реагираа и македонските власти.

И во северна Грција во меѓувреме речиси сите позначајни објекти го носат името „Македонија“. Официјалната „црвена линија“ на Атина во меѓувреме е дека мора да се најде заеднички прифатливо име за меѓународна употреба „ерга омнес“ со географска додавка. Најчесто се споменуваат придавките северна и горна кон името Македонија.

Единствена константа во деценискиот спор остана американскиот правник и дипломат, Метју Нимиц. Именуван од страна на Обединетите нации за медијатор во спорот пред 23 години, Нимиц и натаму е оптимист и верува дека може да се најде решение за проблемот. Последната серија средби со политичките лидери во Скопје и Атина ја имаше во јули годинава.

Смената на власта во Македонија и падот на ВМРО-ДПМНЕ донесоа нов оптимизам дека може да се најде решение за спорот. Владата на Заев по секоја цена сака да обезбеди прием во НАТО на следниот самит на Алијансата во 2018 година. Пречката за тоа и натаму останува Грција, но провејува оптимизам дека под притисок од меѓународната заедница и со нова политика во Скопје, би можело да дојде до исчекор.