Авганистан, како најсеопфатна мисија, останува голема долгорочна тема на НАТО. Командантите од теренот неуморно бараат нови трупи, опрема, а сега и особено обука на авганистанската армија. Меѓутоа, со оглед на заканите за војниците, земјите-членки се однесуваат воздржано, особено кога станува збор за жестоките борби на југот од земјата. Нациите што војуваат таму, на пример Американците, Британците или Канаѓаните, одамна се жалат за нееднаквиот ризик во алијансата.

Во моментов постои и акутен проблем меѓу две членки на НАТО. Турција во суштина го задржува правото да нападне во Северен Ирак за да војува против милитантните Курди. Тоа воопшто не им се допаѓа на Американците кои страхуваат единственото, донекаде мирно подрачје во Ирак, да не се дестабилизира. Американскиот министер за одбрана Роберт Гејтс затоа во едно интервју за ББЦ ја повика турската влада на умереност:

„Поголема воена акција преку границата би била против интересите на Турција, против нашите и против интересите на Ирак„.

Турската влада додуша, го релативираше својот став, но и не се откажа.

Од поодамна тежок проблем претставува и американскиот план за ракетен штит во источна Европа со кој САД, на пример, имаат намера да спречат ракетен напад од Иран. Гејтс досега залудно во Москва се злагаше за системот кој Русите го гледаат како закана. Исто така, Гејтс е соочен и со скептичното население во двете земји во кои треба да биде инсталиран системот: Полска и Чешка.

Додека на овие две земји, поранешни членки на Варшавскиот договор, им успеа да се најдат во редовите на НАТО, и трите балкански држави: Македонија, Албанија и Хрватска се надеваат на членство. Меѓутоа, НАТО не сака да зборува за автоматизам, туку бара натамошни реформи. Нешто поразличен е случајот на Украина. Западно ориентираниот претседател Виктор Јушченко во меѓувреме зад себе има исто така западно ориентирана влада, но населението е поделено околу членство во НАТО.