A ordem de julgamento do TPI, adotada em 27 de maio de 1999, significou um marco histórico pelo fato de Milosevic ainda ser, à época, presidente em exercício. Juntamente com Milosevic, foram acusados seu ministro do Interior, Vlajko Stoilikovic; o chefe das Forças Armadas, Dragoljub Ojdanic; o vice-primeiro-ministro, Nikola Sainovic, e o presidente da Sérvia, Milan Milutinovic.

Milosevic era acusado de genocídio (que prevê prisão perpétua) por atos cometidos na guerra da Bósnia (que causou um total de 200 mil mortes) como, por exemplo, o massacre de Visegrad, onde soldados do Exército iugoslavo levaram uma mulher ─ que tinha acabado de dar à luz sua filha ─ e 45 membros de uma mesma família a um lugar onde foram queimados vivos.

Além disso, o tribunal julgou Milosevic por ter promovido, entre janeiro e junho de 1999, uma campanha de limpeza étnica contra a população de origem albanesa da província sérvia do Kosovo. Essa campanha, que motivou bombardeios da Otan contra a Iugoslávia, causou a morte de centenas de pessoas e a deportação de outras 740 mil, segundo a acusação.

O TPI o acusou da limpeza étnica cometida na Croácia entre 1991 e 1992, em um sumário no qual se acusa as forças sérvias de ter promovido uma brutal campanha contra a população croata. Sobre o ex-presidente iugoslavo pesavam um total de 66 acusações, apresentadas pela chefe da Promotoria do Tribunal de Haia, Carla del Ponte.

Por outro lado, a Justiça sérvia acusava Milosevic de ter encorajado o assassinato de seu antecessor e mentor político, Ivan Stambolic, em 14 de janeiro de 2004. A polícia sérvia também o relacionou ao atentado contra o primeiro-ministro Zoran Djindjic, em 12 de março de 2003. Milosevic era acusado ainda de crimes econômicos, como a malversação de 380 milhões de dólares dos cofres do Estado iugoslavo entre 1994 e 1995.

Em 21 agosto de 1996, a Sociedade de Vítimas dos conflitos da Bósnia-Herzegovina e da Croácia solicitou ao Tribunal de Haia que investigasse a responsabilidade de Milosevic nos crimes de guerra cometidos nessas antigas repúblicas iugoslavas. No documento, destaca-se que, durante os conflitos da Croácia e da Bósnia, mais de 300 mil pessoas foram assassinadas, cerca de 100 mil mulheres foram estupradas e quatro milhões de cidadãos foram desalojados de suas casas.