A primeira baixa de ministros foi a de Gustavo Bebianno, da Secretaria-Geral da Presidência, em 18 de fevereiro de 2019. Importante articulador da campanha de Bolsonaro, Bebianno esteve envolvido em denúncias de que o PSL, partido que ele presidiu de janeiro a outubro de 2018, teria usado candidaturas laranjas. Além disso, entrou em confronto com Carlos Bolsonaro. Floriano Peixoto assumiu a vaga.

Pelo Twitter, Bolsonaro anunciou, em 8 de abril de 2019, a saída do então ministro da Educação, Ricardo Vélez Rodríguez, após uma onda de demissões no alto escalão da pasta. Rodríguez acumulou atitudes polêmicas, como declarar que os livros didáticos sobre ditadura militar seriam revisados, além de pedir que as escolas filmassem os alunos cantando o hino. Seu substituto foi Abraham Weintraub.

O terceiro ministro – e o primeiro da ala militar – a cair foi o general Carlos Alberto dos Santos Cruz, da Secretaria de Governo, em 13 de junho de 2019. A demissão foi atribuída à falta de alinhamento político-ideológico com o governo. Santos Cruz era alvo de ataques regulares de Olavo de Carvalho, guru do presidente, e acumulava intrigas com Carlos Bolsonaro. Assumiu a vaga Luiz Eduardo Ramos.

O general da reserva Franklimberg Ribeiro de Freitas foi exonerado da presidência da Fundação Nacional do Índio (Funai) em 12 de junho de 2019. Segundo ele próprio alegou, sua queda se deveu à pressão dos ruralistas. À época da demissão, Ribeiro de Freitas denunciou que Bolsonaro está sendo mal assessorado nas questões indígenas e que a Funai sofre com orçamento limitado e déficit de pessoal.

Bolsonaro anunciou em público a demissão do presidente dos Correios, o general Juarez da Cunha, em 14 de junho de 2019. Em encontro com jornalistas, o presidente disse que o chefe da estatal vinha se comportando como "um sindicalista". O ministro da Secretaria-Geral da Presidência Floriano Peixoto assumiu o cargo e, para a antiga vaga de Peixoto, foi designado Jorge Antonio de Oliveira Francisco.

Joaquim Levy renunciou à presidência do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES) em 16 de junho de 2019, após embate público com o presidente. No dia anterior, Bolsonaro havia dito que Levy estava com "a cabeça a prêmio" – o motivo foi a nomeação por Levy do executivo Marcos Barbosa Pinto para a diretoria de Mercado de Capitais do BNDES. O substituto foi Gustavo Montezano.

Logo após o Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (Inpe) divulgar aumentos dramáticos no desmatamento da Floresta Amazônica, Bolsonaro acusou o então diretor do instituto, Ricardo Galvão, de mentir. Galvão rebateu as críticas do presidente e acabou sendo exonerado em 2 de agosto de 2019. O oficial da Força Aérea Darcton Policarpo Damião foi oficializado como diretor interino.

A demissão de Marcos Cintra, secretário da Receita Federal desde o início do governo Bolsonaro, foi anunciada em 11/09/2019. A decisão de Paulo Guedes, ministro da Economia, teria sido motivada por divergências com a "nova CPMF". A crise fora deflagrada pela divulgação antecipada de estudos para a cobrança de um imposto semelhante à extinta Contribuição Provisória Sobre Movimentação Financeira.

O dramaturgo de extrema-direita Roberto Alvim foi demitido por Bolsonaro em 17 de janeiro, três meses depois de assumir a Secretaria Especial da Cultura. Ele perdeu o cargo após divulgar um absurdo vídeo repleto de referências ao nazismo. Inicialmente, Bolsonaro relutou demitir Alvim, mas a repercussão do caso selou o destino do secretário, que atribuiu sua queda a uma "ação satânica".

Bolsonaro trocou, em 6 de fevereiro de 2020, o ministro do Desenvolvimento Regional. Gustavo Canuto foi substituído por Rogério Marinho, que era secretário de Previdência e articulou a reforma da aposentadoria. Servidor de carreira do Ministério da Economia, Canuto teria pedido para deixar o cargo. Ele era alvo de críticas de Bolsonaro, que não estaria satisfeito com o Minha Casa Minha Vida.

Osmar Terra foi tirado do cargo de ministro da Cidadania e retomou o mandato como deputado federal. No dia 13 de fevereiro de 2020, Bolsonaro anunciou a saída do ministro Onyx Lorenzoni da Casa Civil para assumir o Ministério da Cidadania no lugar de Terra. Como novo chefe da Casa Civil foi escolhido o general do Exército Walter Souza Braga Netto.

Bolsonaro demitiu seu ministro da Saúde em 16 de abril de 2020, em plena pandemia de covid-19. Luiz Henrique Mandetta e o presidente vinham protagonizando um embate público desde que o Brasil entrou no compasso do coronavírus, semanas antes. Ao contrário de Bolsonaro, Mandetta defendia o isolamento social para conter o avanço da pandemia. Para o seu lugar, foi escolhido o oncologista Nelson Teich.

O ministro da Justiça e Segurança Pública, Sergio Moro, renunciou ao cargo em 24 de abril de 2020, depois de um embate com Bolsonaro sobre o comando da Polícia Federal (PF). Nomeado com a promessa de ter "carta branca" à frente de um superministério, o ex-juiz da Lava Jato acusou o presidente de interferir na PF para ter acesso a informações de inquéritos.

Menos de um mês após ter assumido o cargo, em meio à pandemia de covid-19, Nelson Teich pediu demissão. Apesar de ter dito que tinha um "alinhamento completo" com o presidente, o médico teve divergências com Bolsonaro, que pressionou o ministro para aprovar um uso mais amplo da cloroquina no tratamento da covid-19, apesar de não haver evidências científicas da eficácia e segurança do medicamento.

A atriz Regina Duarte deixou a Secretaria Especial da Cultura em 20 de maio de 2020, menos de três meses depois de assumir o cargo. À frente da pasta, ela acumulou atritos com a ala ideológica do governo, que via sua atuação como muito branda com "a esquerda". Já a classe artística criticou a gestão errática e os comentários de Duarte que minimizaram os crimes da ditadura militar.

Após dias de especulações e uma escalada do desgaste político com o STF, Abraham Weintraub confirmou sua saída do Ministério da Educação em 18 de junho de 2020, em vídeo ao lado de Bolsonaro. Sua passagem pela pasta durou pouco mais de 14 meses e foi envolta em polêmicas, tendo acumulado desafetos e disputas públicas, além de se tornar alvo de inquéritos.

Havia expectativa de que Carlos Decotelli imprimisse normalidade ao MEC após a gestao tumultuada de Weintraub. Mas as credenciais acadêmicas do novo ministro logo passaram ser questionadas. Ele dizia que tinha doutorado, mas foi desmentido. Ainda exagerou sobre ter completado um pós-doutorado na Alemanha. E foi acusado de plágio. Pediu demissão cinco dias após ser indicado, sem ter tomado posse.

No pior momento da pandemia no Brasil, com recordes de mortes diárias e hospitais em colapso, Bolsonaro anunciou a saída de Eduardo Pazuello do Ministério da Saúde, em 16 de março de 2021. Pazuello vinha sendo pressionado pelo agravamento da crise sanitária e pela lentidão da vacinação. Para a vaga foi escolhido o médico Marcelo Queiroga, quarto ministro a ocupar o cargo em menos de um ano.

Um dos mais polêmicos aliados de Bolsonaro, o ministro das Relações Exteriores, Ernesto Araújo, anunciou sua saída em 29 de março de 2021. Extremista de direita e adepto de teorias conspiratórias, era visto como um obstáculo na diplomacia com vários países, dificultando, inclusive, a compra de vacinas da China e da Índia. Sua saída desencadeou uma reforma ministerial, com seis trocas em um dia.

Horas depois do anúncio de Araújo, o ministro da Defesa, Fernando Azevedo e Silva, também deixou o cargo, sem explicar os motivos. "Agradeço ao presidente da República, a quem dediquei total lealdade ao longo desses mais de dois anos, a oportunidade de ter servido ao país. Nesse período, preservei as Forças Armadas como instituições de Estado", afirmou em nota.

Pouco depois, o ministro-chefe da Advocacia-Geral da União (AGU), José Levi, também entregou o cargo. A saída de Levi teria sido pedida por Bolsonaro, após o chefe da AGU ter se recusado a assinar uma Ação Direta de Inconstitucionalidade do Planalto ao STF contra restrições impostas por alguns governadores para conter a pandemia. Para sua vaga, foi designado o ministro da Justiça, André Mendonça.

Em 30 de março de 2021, o Ministério da Defesa anunciou a troca simultânea e inédita dos três comandantes das Forças Armadas. Edson Pujol (à direita na foto), do Exército, Ilques Barbosa, da Marinha, e Antônio Bermudez, da Aeronáutica, já haviam cogitado colocar seus cargos à disposição, como sinal de que não compactuariam com tentativas do presidente de usar as Forças Armadas em seu benefício.

Em 23 de junho de 2021, após muita pressão, Ricardo Salles pediu demissão do Ministério do Meio Ambiente. Ele foi substituído por Joaquim Álvaro Pereira Leite, até então secretário da Amazônia e Serviços Ambientais da pasta. Com gestão marcada por polêmicas, "boiadas" e desmatamento e queimadas recordes, Salles é alvo de dois inquéritos no STF, ambos envolvendo comércio de madeira ilegal.

Em 28 de março de 2022, após vir à tona a "farra dos pastores", o ministro da Educação Milton Ribeiro pediu exoneração. Ele é suspeito de favorecer prefeituras na liberação de recursos do MEC, tendo dois pastores como intermediários. Sua situação ficou ainda mais frágil após a revelação de um áudio em que ele admitia que favorecia os pastores a pedido do presidente Jair Bolsonaro.

Em 11 de maio de 2022, o presidente Jair Bolsonaro trocou a chefia do Ministério de Minas e Energia, ao exonerar Bento Costa Lima Leite de Albuquerque. O novo titular nomeado para a pasta foi Adolfo Sachsida, aliado de Paulo Guedes. A mudança ocorreu após críticas de Bolsonaro à política de preços da Petrobras, estatal ligada ao Ministério de Minas e Energia.