A pedra fundamental do antigo palácio foi lançada em 1443, mas a residência real só começou a tomar forma em 1701. O projeto das fachadas é do arquiteto Andreas Schlüter. Com 1.210 aposentos, o Palácio de Berlim era conhecido como o maior prédio barroco ao norte dos Alpes.

Durante a Segunda Guerra Mundial, o edifício pegou fogo durante um ataque aéreo. O incêndio destruiu praticamente todos os aposentos da ala norte e sul. Outras partes do prédio ficaram de pé, incluindo as fachadas com as esculturas decorativas, as paredes estruturais e as principais escadarias.

Nos anos do pós-Guerra, exposições foram realizadas nos espaços poupados pelo fogo. No entanto, em 1950, o governo da antiga Alemanha comunista decidiu que o prédio não fazia parte do patrimônio cultural alemão e ordenou a sua destruição, apesar dos muitos protestos. Em seu lugar foi criado o Largo Marx e Engels, como local para grandes manifestações.

Na década de 1970, durante o governo de Erich Honecker, foi construído no local o Palácio da República. O edifício se tornou a sede parlamentar da antiga Alemanha Oriental, mas também foi usado para fins culturais e para abrigar inúmeros bares e restaurantes. Depois da queda do Muro de Berlim, o prédio foi fechado devido à presença de amianto, sendo demolido mais tarde.

Após a Reunificação surgiu um debate acalorado sobre a possível reconstrução do Palácio de Berlim. Em 1993, um grupo a favor da reconstrução acertou em cheio ao erguer uma maquete de lona em escala real com imagens das fachadas barrocas. Em 2002, o Parlamento alemão votou a favor da reconstrução do Palácio de Berlim.

Em 2008, o projeto do italiano Franco Stella ganhou o concurso de arquitetura para a reconstrução do palácio. Seu projeto combina o exterior barroco com um interior moderno. O Palácio de Berlim reconstruído deverá abrigar um centro cultural e artístico internacional conhecido como Fórum Humboldt.

O espaço Humboldt Box tornou-se um marco temporário da capital alemã. Desde 2011, ele serve como centro de informações sobre o passado e o futuro do Palácio de Berlim. Nos primeiros 50 dias, o espaço atraiu 100 mil pessoas. De uma plataforma de observação, os turistas também podem desfrutar uma visão panorâmica sobre o canteiro de obras.

Em 12 de junho de 2013, o presidente alemão, Joachim Gauck, lançou a pedra fundamental. Nela estão gravadas duas datas: 1443 e 2013. A primeira corresponde ao lançamento da primeira pedra fundamental, e a segunda indica o ano do início da reconstrução do palácio.

Enquanto as paredes estão sendo elevadas, os ornamentos das fachadas barrocas são confeccionados no canteiro de obras. Usando modelos históricos, escultores recriam 3 mil peças do antigo palácio. As fachadas do prédio deverão custar 80 milhões de euros, provenientes em grande parte de doações. O custo total da obra está orçado em 590 milhões de euros, financiados pelo Estado, em sua maioria.

Atualmente, o cinza do concreto aparente ainda domina a visão do canteiro, mas isso vai mudar com a abertura do Fórum Humboldt, em 2019. No local, os museus berlinenses vão expor os seus tesouros não europeus, enquanto a Universidade Humboldt realizará conferências internacionais. O pátio do palácio vai servir de palco para espetáculos de teatro e música.