Em 2 de junho de 2013, entrou em vigor um reajuste de 20 centavos nas passagens de ônibus, trens e metrô em São Paulo, com a nova tarifa passando para R$ 3,20. Nos meses anteriores, cidades como Natal (RN), Porto Alegre (RS) e Goiânia (GO) já haviam sido palco de protestos contra reajustes. Mas foram os protestos de São Paulo que deram impulso para um movimento nacional.

Os primeiros protestos de junho de 2013 em São Paulo, que seriam o embrião das manifestações que tomaram o país, foram organizados pelo braço paulistano do Movimento Passe Livre (MPL), um grupo descentralizado e sem liderança clara. Com a bandeira da gratuidade no transporte público, o MPL tinha membros ligados à esquerda, mas se definia como "apartidário" e "independente".

O primeiro protesto do MPL, em 3 de junho, teve pouca adesão. Mas isso mudou com as redes sociais, com convocações que passaram a atrair diretamente participantes com princípios ou bandeiras semelhantes. Quando o movimento ganhou força, manifestantes exibiram nos protestos cartazes com frases como "saímos do Facebook".

O terceiro grande protesto em SP, em 11 de junho, chegou ao fim após alguns manifestantes atirarem coquetéis molotov contra um terminal de ônibus. No dia seguinte, o termo "black bloc" começou a aparecer na imprensa para descrever esses manifestantes encapuzados que promoviam vandalismo. O termo descreve uma tática de confronto associada a movimentos anarquistas da Alemanha Ocidental dos anos 80.

As manifestações em SP entre os dias 6 e 11 de junho provocaram críticas de autoridades, e parte da imprensa passou a exigir providências para garantir que vias não fossem bloqueadas. Em 13 de junho, o jornal "Folha de S.Paulo" publicou um editorial com o título "Retomar a Paulista". "É hora de pôr um ponto final nisso", dizia o texto. O cenário estava montado para a repressão do dia 13 de junho.

Em 13 de junho, sem advertência, PMs dispararam gás e balas de borracha contra manifestantes em SP, inclusive pessoas que tentavam fugir gritando "sem violência!". Nas horas seguintes, PMs atacaram jornalistas, moradores e clientes de bares. A noite terminou com mais de 230 presos. Em vez de dissuadir os protestos, no entanto, a violência da PM acabou por alimentá-los.

O então governador de SP, Geraldo Alckmin, defendeu a ação da polícia em 13 de junho. No entanto, choveram críticas de grupos da sociedade civil e até de setores da imprensa sobre os excessos. Protestos foram organizados no exterior em apoio aos manifestantes no Brasil. Novas manifestações foram convocadas. "Não é por centavos, é por direitos", dizia um panfleto distribuído na capital.

A repressão de 13 de junho alimentou o movimento. Enormes manifestações tomaram conta do país em 17 de junho, levando cerca de 250 mil pessoas às ruas. A noite do dia 17 foi palco de algumas das imagens mais emblemáticas das jornadas de junho de 2013, como a invasão do telhado do Congresso Nacional e a depredação da Alerj. Manifestantes entoaram gritos como "o povo acordou" e "o gigante acordou".

As manifestações de 17 de junho e 20 de junho no país passaram a incluir pautas que iam do "passe livre", cobranças por melhorias em serviços públicos e por medidas para conter a violência urbana e a corrupção (tema que recebeu atenção em 2012 com o julgamento do Mensalão) até reclamações sobre os custos da Copa. Cartazes exigindo saúde e educação "padrão Fifa" tomaram conta das manifestações.

Em 18 de junho, na Avenida Paulista, um grupo incendiou um painel da Coca-Cola. A cena foi capturada por celulares, que transmitiram tudo ao vivo nas redes sociais. Foi a primeira transmissão de impacto da Mídia Ninja, uma "teia" de colaboradores criada em 2011 e ligada ao coletivo Fora do Eixo. A transmissão, mesmo com todas as limitações da época, foi acompanhada por 100 mil pessoas.

Em 20 de junho, o Brasil foi palco dos maiores protestos das jornadas de 2013. Mas essas manifestações também foram marcadas por uma virada antipartidária. Militantes de legendas de esquerda foram agredidos em SP e RJ sob gritos de "sem partido!". Suas bandeiras foram tomadas, rasgadas e queimadas. A violência levou o MPL a cancelar a convocação de novos atos.

Em 21 de junho, manifestantes montaram um acampamento em frente à residência do então governador do Rio, Sérgio Cabral, no bairro do Leblon. O movimento acabou tendo diferentes etapas, com protestos em frente à casa do político sendo registrados até outubro. O Rio também foi palco de protestos violentos ao longo de junho, que incluíram atos de vandalismo contra a sede da Assembleia Legislativa

Em 24 de junho, em meio à crise, a então presidente Dilma Rousseff propôs a adoção de cinco "pactos nacionais". A ideia mais chamativa – e controversa – envolveu a convocação de um plebiscito para que o eleitorado fosse consultado sobre a convocação de uma constituinte que trataria exclusivamente da reforma política. O plano foi abandonado em 24 horas, diante da má repercussão e críticas.

Após o MPL de SP desistir de convocar novas manifestações, o movimento começou a perder força. Em SP e outros locais, houve uma pulverização, com protestos menores e de pautas diversas. Em 26 de junho, em SP, houve protestos distintos que expressaram insatisfação contra a chamada "cura gay", a contratação de médicos estrangeiros e até mesmo de manifestantes que pediam uma "intervenção militar".