Aflată în proces de restaurare, interiorul cetăţii este parţial restricţionat turiştilor, dar dimensiunile sale pot fi observate cu uşurinţă din exterior.

Cetatea a fost construită în jurul bisericii fortificate aflate în centrul său. Au urmat modificări sucessive în secolele 16 şi 17, perioadă în care au fost extinse zidurile ce înconjurau lăcaşul de cult.

Fortificaţia de piatră este mult mai veche şi ea a fost ridicată în secolul al XIII-lea, databilă pe baza unei atestări documentare din anul 1299. Incinta fortificată în plan poligonal are în componenţă Castelul Bethlen, Biserica Reformată, Capela evanghelică şi cele opt bastioane: Bastionul Măcelarilor, Bastionul Croitorilor, Bastionul Cismarilor, Bastionul Blănarilor, Bastionul Dogarilor, Bastionul Kalendas, Bastionul Olarilor, Bastionul Lăcătuşilor. De asemenea, cetatea era înconjurată de un şanţ cu apă, pentru a preveni atacurile inamicilor.

Suprafaţa sa totală este impresionată, 3.500 de metri pătraţi, cu ziduri cu o grosime de 1,2 metri.

Cercetările arheologice desfăşurate pe parcursul secolului în incita cetăţii au scos la iveală rămăşiţele unei aşezări daco-romane din secolul 3, peste care ulteriror a fost ridicată o fortificaţie de pământ. Peste această fortificaţie a fost ridicată actuala cetate în două etape. Prima fază datează din secolul 14, când întreaga cetate se rezuma la a fi o simplă biserică fortificată, similară multor astfel de edificii de pe teritoriul Transilvaniei.

Forma actuală a fost definitivată în secolele 16-17, când biserica fortificată a fost întărită şi transformată în actuala cetate a Aiudului. Tot în acea perioadă, ceea ce anterior erau fortificaţii bisericeşti limitate au fost extinse şi tranformate în zidurile de astăzi.

În partea de nord a cetăţii se află Palatul Voievodal, unde a locuit în secolul 17 Gabriel Bethlen, guvernatorul Transilvaniei. Palatul adăposteşte în prezent Muzeul de Istorie din Aiud.

Cel mai importat element al cetăţii îl reprezintă Biserica Reformată Calvină. Aceasta a fost contruită în secolul 15 în stitul gotic. În secolul al XIX-lea, lângă aceasta a fost ridicată Biserica Evanghelică Luterană, pe locul unei capele construite în anii 1333-1334. Alte edificii existente în incintă sunt clădirea parohială şi fosta casă a clopotarului.

Turnul măcelarilor este cel mai vechi şi păstrează elemente din faza iniţială de construcţie a cetăţii, similar cu turnul cizmarilor, construit în aceeaşi perioadă.

Breasla dogarilor aiudeni apare menționată din 1519, fiind de-a lungul timpului una dintre cele mai redutabile bresle transilvănene de dogari. Pe peretele turnului sunt săpate în piatră însemnele breslei, atribuind astfel turnul breselei dogarilor.

Un alt turn vechi este cel al olarilor, ridicat deasupra unei fundații datând din secolul 14, având o formă de patrulater. Olarii au reprezentat una dintre cele mai renumite bresle din Aiud.

Ca rol defensiv, cel mai important este turnul porţii care asigură accesul în cetate. Acesta reprezenta singurul punct de trecere, deoarece aici se afla podul mobil care făcea legătura peste șanțul cu apă, în acest fel asigurându-se controlul celor ce intrau în cetate.