С переводом царской резиденции из Москвы в Санкт-Петербург сюда переселились многие лютеране, находившиеся на русской службе и в русском подданстве. Кроме того, по приглашению Петра I, из Германии в Санкт-Петербург постоянно переселялись немцы. Так что первоначально инославное население города составляли, в основном, немцы-лютеране.

С целью объединить лютеран в общину Петр I в 1704 году приказал построить для них деревянную церковь. Первым пастором кирхи, выстроенной в Петропавловской крепости, был Иоганн Мюллер. Об этом упоминал Юст Юль - датский посланник при дворе Петра I. В 1710 году он записал в своем дневнике: "Я был в лютеранской церкви в крепости Санкт-Петербург. Службу отправляет там немецкий лютеранский священник магистр Мюллер".

Вскоре лютеранскую кирху перенесли из крепости на Петербургскую сторону, а потом - в Литейную часть. Литейный двор находился на левом берегу Невы, выше впадения в нее Фонтанки. В те годы Россия вела затяжную войну со Швецией и крайне нуждалась в пушках. Среди мастеров-литейщиков было много немцев.

В 1719 году, по указу Петра I, в район Литейной части была переведена из Москвы дивизия генерал-майора Бонна, в которой также было много немцев-лютеран. Примерно с 1711 года в Литейной части уже действовала лютеранская так называемая Литейная и артиллерийская домовая церковь. Община собиралась в большой зале Горной коллегии. Богослужение совершал пастор Иоганн Леонард Шатнер. Однако со временем маленький приход увеличился настолько, что молитвенное помещение стало тесным, и президент Берг-Мануфактур-коллегии Яков Вилимович Брюс испросил у Петра I место для постройки новой церкви. Лютеранской общине был выделен участок земли, на котором и ныне стоит церковь святой Анны - между Фурштадтской и 4-й Артиллерийской (ныне - Кирочной) улицами.

Прихожане вносили посильные пожертвования на обустройство новой церкви. Пастор Иоганн Шатнер отдавал на это часть своего жалования. Но все-таки сумма оказалась недостаточной, и поэтому пришлось обратиться за помощью к лютеранам, жившим в Нарве, Ревеле, Риге, Данциге и Москве. В 1722 году церковь была освящена.

В 1734-38 годах на месте прежней церкви шло строительство нового деревянного храма. По сравнению с прежним, он был больших размеров. Его стены покоились на каменном фундаменте и были украшены мозаикой "на прусский манер". Выстроенная в виде 8-угольника, церковь была освящена в 1741 году при правительнице Анне Леопольдовне. Храм получил имя святой Анны (Анненкирхе).

Большие пожертвования приходу поступали от вдовы русского купца Софии-Шарлотты Владимировой, урожденной Мюллер. На её средства была выстроена каменная церковь на месте деревянной. Церковное здание было возведено по проекту российского архитектора немецкого происхождения Юрия Матвеевича Фельтена и стало одним из лучших его творений.

В конце ХVIII - начале XIX веков в России сохранялось традиционно благожелательное отношение к протестантам. Об этом свидетельствовал наставник Великого Князя Николая Павловича Генрих Шторх. В своей книге "Россия при Александре I", изданной на немецком языке, он пишет: "Как известно, лютеранские общества в Лифляндии и Эстляндии, с тех пор как они находятся под русским владычеством, всегда имели своих генерал-суперинтендентов. Теперь именным императорским указом должность генерал-суперинтендента основана и для Ингерманландии, и эта должность поручена бывшему пробсту и пастору при церкви святой Анны в Петербурге Рейнботу. Протестантское духовное лицо с такой властью, которое имеет свое местопребывание в резиденции православного императора и Священного Синода, есть прекрасный пример веротерпимости".

Описав торжественную церемонию возведения пастора Рейнбота в суперинтенденты, Шторх замечает: "Невероятное количество людей наполняло церковь; здесь присутствовали даже лица императорской фамилии, члены Сената, высшее православное духовенство, между которыми находились архимандриты Александро-Невского монастыря и духовник императора; католическое духовенство со своим архиепископом; священники Армянской Церкви; наконец, высшие гражданские и военные чиновники придавали собранию торжественный и блестящий вид, а вместе с тем и показывали прекрасный и благородный пример духа терпимости под мудрым и либеральным управлением Александра".

В предреволюционные и послереволюционные годы церковь святой Анны была одним из наиболее посещаемых храмов города. В 20-е годы в ней служил епископ Мальмгрен, возглавлявший евангелическо-лютеранские церкви северной части СССР. При храме существовала евангелическо-лютеранская семинария, закрытая в 1934 году. Анненкирхе продолжала действовать до 1936 года, несмотря на следовавшие один за другим аресты её священнослужителей. В 1939 году ее здание было полностью перестроено и приспособлено под кинотеатр. При перестройке интерьеры церкви и украшавшая их роспись были почти полностью уничтожены.

В 1992 году в церкви святой Анны было вновь совершено богослужение. С администрацией кинотеатра, размещавшегося в здании храма, была достигнута договоренность о совместном использовании зала. По будним дням здание кирхи используется как кинотеатр, а по воскресеньям здесь регулярно совершаются богослужения.

Влияние Реформации на рост духовного просвещения народов отмечали многие русские исследователи. Как писал выдающийся русский педагог прошлого века Константин Дмитриевич Ушинский, "первые английские поселенцы в Северной Америке, отцы-пилигримы, как только выбирали места для поселения, так основывали, прежде всего, церковь и школу, и часто прежде школу, чем церковь". Эти слова в полной мере можно отнести и к тем выходцам из немецких земель, которые переселялись в Россию.

В 1736 году, по инициативе и на пожертвования пастора Шатнера, при церкви святой Анны была открыта школа, учрежденная с разрешения императрицы Анны Иоанновны. Эту школу посещали дети жителей немецкой слободы при Литейном дворе.

После кончины императрицы Анны Иоанновны в 1740 году школа получила наименование училища святой Анны (Анненшуле). В том же 1740 году, когда число учеников возросло, на церковном совете был поднят вопрос о строительстве школьного здания. Для этой цели в 1742 году, по ходатайству ландграфа Гессен-Гомбургского Людвига, для школы было отведено место на 4-й Артиллерийской улице (ныне - Кирочной), а в 1743 году школьное здание было построено.

В 1775-79 годах на Фурштадтской улице было возведено новое здание Анненкирхе. При Анненкирхе по-прежнему находилась Анненшуле. В 1766 году в ней постоянно трудились два учителя. Они получали жалование из школьных средств. Кроме того, в виде вспоможения из церковной кассы им выдавали ежегодно 450 рублей. В годы строительства каменной церкви на ее возведение требовались большие средства. Поэтому приходская школа не могла получать достаточной поддержки от общины Анненкирхе. К 1778 году она пришла в упадок из-за частой сменяемости преподавателей, вызванной низкими окладами. "Только двух наставников я обнаружил при моем приходе. Число учащихся не превышало двадцати. Кроме того, каждый раз я заставал учителей в ночных халатах, когда посещал их занятия",- так описывал состояние школы тех лет вновь назначенный пастор.

В 1781 году самый состоятельный прихожанин Анненкирхе, владелец кожевенного завода Иоахим Готфрид Керстнер, пожертвовал 16 тысяч рублей для постройки сиротского дома. В этом доме должны были воспитываться 10 мальчиков-сирот от 7 до 14 лет. Они же должны были бесплатно обучаться в Анненшуле. Через 4 года здание было готово. Оно было выстроено на противоположной стороне Кирочной улицы. Надпись на мемориальной доске, рассказывавшая его историю, заканчивалась словами: "Сохрани это себе, потомство; строй, улучшай, ничего не ломай!"

После 1780 года Анненшуле получила права городской школы, близкой по программе к немецкому реальному училищу. В отделении для мальчиков преподавалось богословие, естественные науки, языки. Девочки, кроме того, осваивали рукоделие. Училище, в отличие от ему подобных, было более демократичным. В Анненшуле принимались дети самых разных вероисповеданий. Однако права поступления в Университет ее питомцы пока еще не имели: его обеспечивала только гимназия.

К середине XIX века школа стала весьма престижной. Ее выпускники стали студентами Петербургского, Московского, Дерптского и Гельсингфорского университетов. Император Николай I высоко оценил деятельность Анненшуле. Указом от 1852 года школе был присвоен статус государственной гимназии. К 1862 году авторитет школы настолько возрос, что давал абитуриенту право по аттестату зрелости, без сдачи вступительных экзаменов поступать в университет. Кстати, выпускником Анненшуле был и известный русский учёный и путешественник Миклухо-Маклай.

С 1884 по 1910 год директором Анненшуле был талантливый педагог доктор Иосиф Кениг. Этот период заслуженно называли временем расцвета училища. Общая численность учащихся в Анненшуле достигла 1800 человек. В 1906 году было возведено новое 5-этажное здание школы. После 1917 года в здании училища разместилась трудовая школа-девятилетка. Многие талантливые преподаватели школы были уволены, некоторые арестованы. Часть прежних учителей включилась в обучение нового поколения школьников. По традиции, унаследованной еще от старой Анненшуле, в новой школе больше внимание уделялось изучению немецкого языка. В 1975 году в историческое здание бывшей Анненшуле была переведена школа с углубленным изучением математики и физики.