Одной из главных задач штаба в Вильнюсе является координация сил быстрого реагирования НАТО в случае международного кризиса в регионе. Ту же задачу будут выполнять еще пять штабов Альянса - Эстонии, Латвии, Польше, Румынии и Болгарии.