11 января 2002 года первые 70 немецких военнослужащих прибыли в Кабул. Так началась первая неевропейская боевая операция бундесвера. В самый разгар миссии ISAF в Афганистане базировались до 5350 служащих бундесвера. Германия предоставила третий по численности после США и Великобритании военный контингент в состав международных сил ISAF.

В результате взрыва в Кабуле 6 марта 2002 года погибли двое немецких и трое датских солдат, пытавшиеся обезвредить ракетный снаряд. За годы миссии ISAF в Афганистане жизни потеряли 55 военнослужащих бундесвера.

26 июля 2002 года министр обороны ФРГ Петер Штрук (Peter Struck) прилетел на базу бундесвера в Афганистане. На критику немецкого военного присутствия в этой стране политик ответил фразой, которую потом охотно цитировали журналисты: "Безопасность Федеративной Республики Германия защищают и на Гиндукуше".

Бундесвер был задействован в относительно спокойном регионе на севере страны. Тем самым удалось смягчить критику в самой Германии и одновременно исполнить ожидания в мире, связанные с участием бундесвера в миссии ISAF. С октября 2003 года немецкие солдаты базировались в провинции Кундуз. В 2006 году Германия взяла на себя главную ответственность за стабильность на севере Афганистана.

Германия первой из стран НАТО направила специалистов в региональные команды по восстановлению инфраструктуры в Афганистане (PRT). Восстановление гражданских структур и вооруженное обеспечение безопасности понимались как две стороны одной медали. Германия будет оказывать финансовую помощь в деле восстановления Афганистана и после 2014 года.

Германия взяла на себя ведущую роль и в подготовке сотрудников афганских сил безопасности. В четырех центрах, расположенных в разных частях Афганистана, прошли обучение более 60 тысяч полицейских и солдат. Правительство ФРГ предоставило на эти цели 380 миллионов евро.

4 сентября 2009 года немецкий полковник Георг Кляйн (Georg Klein) затребовал авиаудар НАТО по двум похищенным талибами бензовозам в провинции Кундуз. В результате погибло более 90 мирных жителей, в том числе дети. Расследование в Германии по подозрению в совершении полковником Кляйном военного преступления было прекращено.

22 мая 2010 года президент ФРГ Хорст Кёлер (Horst Köhler) обрушил на себя шквал критики в Германии высказыванием, сделанным в самолете на обратном пути из Афганистана. Он обосновал участие бундесвера в миссии ISAF, в том числе, экономическими интересами Германии. Вскоре после этого заявления Кёлер ушел в отставку.

До конца 2014 года бундесвер, по согласованию с партнерами в НАТО, полностью выведет свои войска из Афганистана. Еще в 2010 году немецкие солдаты покинули провинцию Бадахшан, год спустя - провинцию Кундуз. Военные базы бундесвера были переданы вооруженным силам Афганистана. Немецкая база близ города Мазари-Шариф до конца 2012 года была главным полевым лагерем бундесвера на севере Афганистана.

При передаче военной базы в Кундузе афганцам офицеры НАТО заявили, что оставляют регион, в котором восстановлен мир, охраняемый афганскими военными. Но кровавые теракты в Афганистане не прекращаются. Прежде всего, жители северных регионов беспокоятся о своей безопасности.

База "Мармоль" была местом, в котором многие солдаты бундесвера прощались с Афганистаном. Оттуда осуществлялась отправка военнослужащих обратно в Германию. "Мармоль" останется крупнейшей базой бундесвера в Афганистане и после 2014 года. По окончании миссии ISAF в этом лагере будут размещены порядка 650 немецких инструкторов, которые будут обучать и консультировать военнослужащих афганской армии.

За миссией ISAF последует другая миссия - "Resolute Support" ("Решительная поддержка"), которая продлится по меньшей мере до конца 2016 года. В ней будут участвовать до 13 тысяч иностранных военнослужащих. Основной задачей новой миссии станет поддержка и обучение солдат афганской армии. Германия направит для участия в ней до 850 военнослужащих.