На территории лавры расположены 140 зданий и сооружений различного назначения: от древнерусских храмов и музеев до свечного завода и гостиниц. Лавра условно разделена на две части: верхнюю, где находится музейный комплекс Национального Киево-Печерского историко-культурного заповедника, и нижнюю, которой пользуется Украинская православная церковь Московского патриархата (УПЦ МП).

Троицкая надвратная церковь упоминается еще в "Повести временных лет" Нестора Летописца. Она расположена над главными входными воротами в Киево-Печерскую лавру на территории музейного комплекса. Сейчас церковь - в строительных лесах. Недавно началась реставрация памятника, поскольку он находится в аварийном состоянии. На восстановление церкви выделили 17 миллионов гривен.

Успенский собор заложили еще в 1073 году на деньги князя Святослава Ярославича. Князь не только подарил землю под церковь, но и собственноручно копал ров под ее фундамент. Храм был взорван во время нацистской оккупации в ноябре 1941 года и восстановлен в 2000 году. Сейчас это музей. Только на большие церковные праздники в нем проводятся службы УПЦ МП.

Иконостас Успенского собора восстанавливали за счет немецких налогоплательщиков. Правительство Германии выделило на это 200 тысяч немецких марок, а Украинско-немецкий экономический форум - еще 20 тысяч. Над иконостасом работали закарпатские резчики.

В советское время в Трапезной церкви был музей атеизма, а вместо паникадила (люстры) висел так называемый "маятник Фуко". Свод церкви уникален, поскольку лежит прямо на стенах храма и является копией свода Софийского собора в Константинополе. Трапезная церковь - это часть музейного комплекса, но здесь также проводятся заседания Синода УПЦ МП.

Трапезная палата и церковь составляют единый комплекс, но архитектурно разграничены. Это одна из поздних церквей Киево-Печерской Лавры, возведенная в 1893-1895 годах. Разбивку стен под живопись и проект иконостаса в Трапезной палате сделал российский архитектор Алексей Щусев, который позже построил мавзолей Ленина в Москве. Сейчас в Трапезной палате УПЦ МП продает иконы и свечи.

Нижней частью лавры управляет УПЦ МП. На этой территории находятся ближние и дальние пещеры. В них похоронен основатель Печерского монастыря Антоний. Также в пещерах покоятся мощи более сотни святых, в частности, Нестора Летописца, Моисея Угрина, Никона Печерского, Ильи Муромца. Паломники приходят в пещеры в надежде на исцеление. Вход туда бесплатный.

На территории нижней лавры много новостроек, за что критикуют ее настоятеля Павла. Митрополита упрекают, что из-за строительства новых сооружений Киево-Печерскую лавру могут исключить из списка всемирного наследия ЮНЕСКО. Но строительство в лавре не прекращается. На ее территории уже построили несколько гостиниц для паломников.

УПЦ МП также критикуют за перестройку въездных ворот нижней лавры, через которые теперь могут проезжать грузовики.

До 2013 года в лавре действовал центр лечения больных СПИДом. По словам активистов Всеукраинской сети людей, живущих с ВИЧ/СПИД, благодаря связям с тогдашней властью наместник лавры добился, чтобы больницу оттуда выселили. До сих пор в помещении ведутся ремонтные работы. На здании уже появились купола.