В 1690 году после кончины патриарха Иоакима на патриарший престол был возведен митрополит Казанский Адриан. Патриарх Адриан был избран вопреки желанию Петра Первого. Он вместе с некоторыми из архиереев хотел видеть патриархом митрополита Псковского Маркелла, человека ученого и образованного, но Петру пришлось уступить желанию сторонников царицы-матери, Наталии Кирилловны.

Патриарх Адриан, в миру Андрей, родился в Москве в 1627 году (по другим данным – в 1639 году). Своим благочестием и добродетелями он был известен самому патриарху Иоакиму, который в 1678 году назначил Адриана архимандритом Чудова монастыря. Положение чудовского архимандрита в иерархии того времени было настолько видным, а личные качества Адриана настолько выдающимися, что в 1686 году патриарх Иоаким поставил его митрополитом Казанским и Свияжским. В последние дни жизни патриарха Иоакима митрополит Казанский Адриан был его правой рукой, а после его смерти управлял Московской епархией, хотя по-прежнему титуловался митрополитом Казанским и Свияжским.

В русских исследованиях, посвященных патриарху Адриану, сложился образ старца, "ветхого деньми", простого, доброго и смиренного. Иную оценку патриаршей деятельности дает его современник – секретарь прусского посольства Иоганн Готгильд Фоккеродт, живший в России в петровскую эпоху. У Фоккеродта, не принимавшего во внимание давление царского абсолютизма, это смирение патриарха оценивалось как попустительство злоупотреблениям, которые допускал Петр Первый в своих действиях. По словам немецкого историка, патриарх Адриан "смотрел совершенно спокойно, как Петр Первый сажал в монастырь сестру Софью, как приказывал казнить жестокими муками многих священников и монахов, сделавшихся участниками в ее происках, или, по крайней мере, очень свободно рассуждавших об его поведении; как брал колокола с церквей для возобновления потерянной при Нарве артиллерии; удостаивал дружеского обхождения и доверия еретиков, по постам явно ел мясо, безбоязненно нарушал и другие церковные уставы; как стриг бороды русским, заставлял их носить французское платье и вводил бесчисленное множество других обычаев, которые были ужасом для русских, особливо для духовенства".

В первые годы своего патриаршества святейший Адриан все же пытался как-то влиять на государственные дела. Однако в своей борьбе против нежелательных нововведений он встретил препятствие в лице самого Петра Первого. Патриарх Адриан не одобрял крутой ломки обычаев и традиций, выступал против подражания Западу. Не по нраву пришлось ему брадобритие, курение, отмена русской национальной одежды и другие бытовые новшества Петра Первого, в особенности же его сумасбродные "потехи". Известно, с каким неодобрением отнеслись консервативные московские круги к укреплению связей Петра со странами Западной Европы. Однако патриарх Адриан не в силах был влиять на решения царя, и Петр Первый мог не опасаться помех со стороны патриарха в своих преобразовательных планах. В конечном счете, полезные и действительно важные начинания царя, направленные на благое устроение Отечества, патриарх Адриан понял и поддержал.

Отправляясь в 1697 году под именем "Петра Михайлова" в свите своего Великого посольства в свое первое заграничное путешествие к европейским дворам, Петр даже взял благословение от патриарха, а во время пребывания посольства в Амстердаме царь и патриарх обменялись между собой несколькими письмами, которые достаточно хорошо свидетельствуют об их отношениях. В письме Адриана к Петру в Голландию выражается пожелание успешной поездки и скорейшего возвращения на родину: "По премногу тебе всюду благополучество во предстательстве Приснодевы Богородицы Марии и всех святых желаем, наипаче же, да созерцаем сладостное лицо твое в мире и тишине возвратившегося во своя; ничто же бо ино в попечении имамы, разве сие, да обогатимся сыновскою твоею любовию самоличне и радование известное приимем".

В ответном письме Петра Первого к патриарху говорится: "Вашего архипастырства писание, из которого выразумев Вашей святости доброжелание и молитвы, за что стократно благодарих Вашу персонь; о нас же, аще соизволишь ведать, и мы в Нидерландах, в городе Амстердаме, благодатию Божиею и Вашими молитвами, при добром состоянии живы".

Ответ царя на письмо патриарха имеет важное значение: объясняя цель своего пребывания за границей намерением "доброго приобретения морского пути" для того, чтобы со временем «предпринять войну против врагов Христова имени, турок, и явиться, с помощью Божией, освободителем находящихся под их игом восточных христиан», Петр Первый, очевидно, надеялся этим заявлением вызвать со стороны высшего духовенства сочувствие к своим новым планам, на которые враждебно смотрели все приверженцы русской старины.

И, тем не менее, Адриан, "внутренне горячий и вдохновенный в своем старорусском благочестии", неодобрительно отнесся к некоторым прозападным реформам Петра Первого, связанным с нарушением церковных канонов и вековых обычаев русского народа. За три с половиной года до своей кончины патриарх Адриан составил духовное завещание; оно было обнародовано после его смерти. Патриарх завещал беречь "веру православно-кафолическую, чествовать Церковь Святую и Апостольскую, защищать ее от всяких ересей и соблазненных наветов". В 1700 году патриарх Адриан скончался в загородном Перервинском монастыре, "от рождения своего имеше семьдесят третье лето". Погребен он был в Успенском соборе Московского Кремля.

После кончины Адриана Петр Первый задержал выборы нового патриарха. Во главе Русской Православной Церкви в должности Местоблюстителя патриаршего престола был поставлен митрополит Рязанский Стефан (Яворский). С 1700 года Московская патриаршая кафедра вдовствовала. В петровскую эпоху многие иностранцы, приезжавшие в Россию, были свидетелями перемен в церковной жизни страны. Одним из них был строитель кораблей и каналов Джон Перри, приглашенный на русскую службу царём в 1698 году. Перри прожил в России до 1715 года, затем уехал в Лондон, где и издал свою книгу, посвященную России.

Английский автор так описывает тогдашнее состояние церковного управления в стране: "После смерти последнего патриарха, весьма престарелого человека, умершего вскоре после возвращения царя из путешествия, царь воспротивился избранию нового патриарха и сделался сам главой Церкви, присвоив себе исключительно управление ею. По смерти же вышеупомянутого патриарха (Адриана), он тогдашнего митрополита Рязанского (Стефана Яворского), который из всего духовенства оказался самым ученым и способным, воспитывался в Польше, назначил управляющим (администратором) всеми церковными делами, с тем, чтобы о всех текущих делах он, от времени до времени, делал представления его царскому величеству, и получал бы от него приказания и руководство".

О том, что Петр Первый фактически возглавил управление церковными делами, пишет и Фоккеродт: "В иерархии и благочинии Русской Церкви Петр Первый задумал разные существенные перемены и большей частью привел их к счастливому концу. Самой важной исходной точкой всех других было уничтожение патриаршества в Москве и объявление Петром Первым себя верховным епископом или главою своей Церкви".

В своей книге Фоккеродт даёт оценку значения и смысла церковных реформ, предпринятых Петром Первым после смерти патриарха Адриана: "Несмотря на то, что русские цари, благодаря долгому упражнению, уже изучили искусство так сдерживать патриаршескую власть, что она не могла причинить никакого ущерба государевой, Петр Первый, во избежание разных случаев, считал гораздо вернее и выгоднее для своих намерений уничтожить совсем этот сан и так направить духовенство, чтобы оно никого не признавало своим верховным епископом, кроме своего государя. Выгоды, которые вышли бы тогда для него, были бы так явны, что ему нечего было колебаться долго".

Об одной из причин, побудившей Петра Первого пойти на этот шаг, писал и Оттон Плейер, действительный поверенный Венского двора, который часто посещал Россию начиная с 1696 года. "Царь, по смерти последнего патриарха, не ставит больше в патриархи никого другого, по случаю, может быть, больших расходов, потому что патриарх должен получить утверждение от Константинопольского патриарха, стоящее много денег, – делает предположение Плейер. – Когда этот приходил прежде в Москву и созывал там Собор, это требовало от царя невероятных расходов".

Но, как чувствовал сам венский посланник, данная причина не могла быть главной в действиях Петра Первого в этом деле. Поэтому он выдвигает другое предположение, которое носило более реальный характер. "Впрочем, тут больше, может быть, и политическая причина, – пишет Плейер. – Если царь и не бывает в Москве, а всё на войне, да разъезжает по чужим землям, то все же хочет образовать свой народ, для чего переменил даже и покрой русского платья, велел брить бороды, разрешил от постов и, может быть, по его всегдашним речам, сделает после войны путешествие ко гробу соименного ему апостола, то есть Петра (в Рим), а привязаться за это к нему, чтобы запретить всё такое, не может никто, кроме патриарха, который, пожалуй, представит народу опасные от того последствия, как для него, так и всей русской веры: царь и вынужден будет отложить свое путешествие, как это и было с ним в 1698 году. От того-то, пока он не думает оставаться в стране, и пока не откроет своему неученому духовенству своего тайного намерения насчет, может быть, перемены церковного устава и введения преобразований, до тех пор он едва ли поставит в Москве начальное духовное лицо".

О церковных событиях первых лет вдовствования Московской патриаршей кафедры можно почерпнуть сведения из писем членов ордена "Общества Иисуса", несших свое послушание при католической общине в Москве. Вот что писал один из них, отец Франциск Эмилиан, в 1701 году: "Патриарх Адриан умер почти в то время, как и наш святейший отец (папа Иннокентий Двенадцатый). На место его не назначен другой патриарх и (как говорят) не будет назначен. Светлейший царь публично объявил, что не было в обычае, чтобы было больше 4-х патриархов (Восточных), что Москве не следует его иметь. Вместо патриарха управляет церквами какой-то митрополит Яворский, некогда бывший преподавателем философии и богословия в Киеве".

Итак, Петр Первый воспрепятствовал проведению выборов нового патриарха. А после учреждения Святейшего Правительствующего Синода в 1721 году фактически начался новый – Синодальный – период в истории Русской Православной Церкви.