Через лагерь прошли сотни "особо опасных государственных преступников". Вот лишь несколько имен: Василь Стус, Владимир Буковский, Сергей Ковалев, Валерий Марченко, Натан Щаранский, Глеб Якунин, Левко Лукьяненко.

Украинский поэт Василь Стус был одним из пермских узников. Скончался в 1985 году. Колония прекратила свое существование в 1988 году.

Изначально большинство заключенных составляли коллаборационисты – граждане СССР, сотрудничавшие с оккупационными войсками во время Второй мировой войны. Но постепенно им на смену пришли осужденные за "антисоветскую агитацию и пропаганду".

В середине 1980-х тогдашний советский лидер Михаил Горбачев согласился на массовые амнистии политзаключенных. 29 декабря 1987 года было амнистировано большинство узников колонии "Пермь-36".

Музей принял первых посетителей в 1996 году. С тех пор усилиями волонтеров, в том числе и немецких, были отремонтированы и восстановлены 15 зданий и сооружений лагеря и более двух километров лагерных заграждений.

Музей изначально создавался и всегда позиционировал себя как независимый, общественный. Недвижимость принадлежала и продолжает принадлежать государству, хотя была предоставлена музею в бессрочное пользование на безвозмездной основе. Деньги на содержание и финансирование музея поступали из бюджетных средств (не все, но большая часть), а в содержательную часть власти не вмешивались.

Согласно недавним заявлениям представителей музея, государство решило забрать свое имущество назад и пересмотреть концепцию музея, фактически "подвинув" автономную негосударственную организацию "Пермь-36", которая создавала и все эти годы занималась общественным музеем.

Сообщения о том, что единственный в своем роде музей, расположенный на территории лагерного комплекса эпохи ГУЛАГа, может раствориться в пространстве, взбудоражили общественность как в России, так и за рубежом.