Все 224 допинг-контроля, выборочно взятых у игроков во время 56 матчей ЧМ-2006, показали негативный результат. Это касается как результатов проверки на применение запрещенных препаратов, так и нового допинга – EPO (эритропоэтина). EPO – это гормон, вырабатываемый почками и стимулирующий образование эритроцитов. Он используется спортсменами для увеличения объема транспортировки в организме кислорода, который возрастает с ростом количества эритроцитов.

После каждого матча контролю подвергались по два игрока из каждой команды. В истории чемпионатов случай применения допинга был зафиксирован лишь однажды. В 1994 году Диего Марадона был уличен в приеме запрещенного препарата.