Городские права Мюнстер получил в конце XII века. Здание этой ратуши было заложено здесь на площади Принципальмарк в начале XIV века. Нынешний готический фронтон появился во время перестройки здания в 1570-х годах. 

Тридцатилетняя война началась в Европе из-за конфликта между католиками и протестантами вокруг свободы вероисповедания. В 1648 году во время Вестфальского конгресса в Мюнстере велись переговоры с католической стороной, с протестантами - в Оснабрюке. Они были выбраны для проведения конгресса, так как занимали во время войны позицию нейтралитета. Подписание мирного договора проходило в обеих ратушах.