Papa Gjon Pali i dytë ka lënë një testament në polonisht të cilin ka nisur ta shkruaj në vitin 1979, vetëm pak muaj pas zgjedhjes së tij si Papë. Testamenti prej 15 faqesh është hapur gjatë ditës së sotme. Sipas fjaleve te shkruara ne testament, Papa i ben thirrje njerezimit të rrijë në pritje, sepse nuk dihet momenti kur Zoti ynë do të mbërrijë në tokë. Në testament zbardhet edhe ideja për dorëheqjen e Papës në vitin 2000.„Tani që po hyj në moshën e thyer të të 80-tave, do duhej të
shtrohej pyetja rreth dorëheqjes sime, thuhet në shënimin e bërë më 17 mars 2000.
Por ai ka menduar se do të ketë forcë, që të ushtrojë institucionin e tij.
Në vitin 2000 ka pasur shumë spekullime rreth dorëheqjes se tij për shkak të
gjendjes së rënduar shëndetësore.
Papa urdhëronte në dokumentin e tij që të digjen të gjitha shënimet e tij.
Për këtë do të kujdesej sipas testamentit sekretari i tij privat Stanislav Dzivitz. "Unë nuk po lë trashëgimi, që do duhej të përvetësohej nga dikush", shkruhet ne testament.
Ndërsa ne 1982 ai ka bërë të ditur se donte të varrosej në Poloni, vendim ky i kthyer ne 85-ën.Ai
dëshironte, si edhe Papa Pauli i 6-shtë në vitin 1978, që të varrosej në
tokë në një arkivol normal dhe jo siç ka qenë shpesh e
praktikueshme nga papat tjerë.
"Atentatit i shpetova fale dores se Zotit". Kjo ka qene nje tjeter pike rrefimi ne testamentin e Papes. Sipas tij fale dores se Zotit, lufta e ftohte perfundoi pa dhune dhe konflikt berthamor.
Ne tekstin e publikuar citohen vetem dy persona. Ata jane rabini Toaf dhe monsinjor Stanislao Dzivizs.Ne testamentin e Papes, i publikuar , kujtohen me mjaft dashamiresi edhe gazetaret. Ne shkresen e lene nga Ati i Shenjte njerezit e shtypit cilesohen si pefaqesues te kultures, shkences, politikes dhe mjeteve te komunikimit social.
Papa bën gjithashtu me dije, se mbijetimi i
atentatit ka qenë edhe një arsye tjetër, për të mos dhënë dorëheqjen më
vonë.
Në një shënim nga viti 1980 Papa ankohet ndaj përndjekjes se kishës. „Në
disa shtete kisha po ballafaqohet me fazën e përdjekjes në ato përmasa“, të
cilat nuk janë më të vogla se në shekujt e parë të kristianizmit;niveli i çnjerëzimit dhe urrejtjes“ është sot edhe më i tmerrshëm.
Në një kapitull pa datë Papa merret edhe me gjendjen e rëndë
shëndetësore në vitet e tij të fundit. Përkundër dobësimit të madh, „unë kam
besim të madh në Zotin, se do t'më dhuroj mëshirën e Tij, që të përballoj
sipas dëshirës se Tij çdo sprovë dhe dhëmbje.“
Duke ju drejtuar besimtarëve, në testament thuhet: „Pas vdekjes sime ju
lutem për mesha të shënjëta dhe lutje“. Këto shënime përkatëse janë bërë
gjatë viteve 1979 dhe 2000.