Autoritetet doganore në Shqipëri e kanë kuptuar se lufta kundër kontrabandës, evazionit fiskal dhe korrupsionit në tërësi në këtë shërbim nuk mund ta përballojnë të vetëm. Në procesin e përditshëm të lëvizjes së mallrave nga vende të tjera drejt Shqipërisë apo anasjelltas është i nevojshëm dhe bashkëpunimi me autoritetet doganore të vendeve të origjinës, veçanërisht me ato të fqinjëve në rajon.

Drejtori i Përgjithshëm i Doganave të Shqipërisë, prof. Përparim Dervishi, thotë se kooperimi ndërajonal në këtë aspekt është instaluar në rradhë të parë duke forcuar marrëdhëniet dypalëshe. Ai veçon bashkëpunimin me autoritetet doganore në Malin e Zi, të UNMIK-ut në Kosovë, të Maqedonisë, e Greqisë:
"Një nga hapat më të fundit është puna e bashkëpunimit rajonal në fushën e doganave me krijimin e një database për shkëmbimin e informacionit mes vendeve ballkanike", thotë prof. Dervishi, dhe sipas tij kjo "do të ndikojë drejtpërdrejt në goditjen e kontrabandës, uljen e evazionit fiskal nga njëra anë, dhe rritjen e qarkullimit ekonomik dhe tregtar mes vendeve tona në anën tjeter".

Mbështetje në këtë aspekt japin dhe programet që zbatojnë në rajon Bashkimi Europian dhe Iniciativa e Paktit të Stabilitetit të Europës Juglindore. Përfaqësues të autoriteteve doganore të Shqipërisë, Bosnje-Hervegovinës, Malit të Zi, Greqisë, Kroacisë, UNMIK-ut e Serbisë kanë ndërtuar një kalendar kontakti mes tyre, në takime dhe ballafaqime, ku janë prezente dhe ekspertë të BE-së, me synimin e shkëmbimit të eksperiencave mes tyre, por dhe për të konsoliduar kryqëzimin e informacionit të nevojshëm.

Në Shqipëri prej vitit 2002, me mbështetjen e programit-CARDS të BE-së është ndërhyrë në sistemin kompjuterik të të gjithë doganave të vendit, duke aplikuar stade më të avancuara, me një program të dixhitalizuar në gjuhën shqipe dhe që lehtësisht bashkëvepron me programet e vendeve të tjera të rajonit.

Dixhitalizimi tërësor i shërbimit doganor në Shqipëri plotëson dhe njërin prej kushteve kryesore të vendosur nga Fondi Monetar Ndërkombëtar në procesin e reformimit të këtij sistemi.