На території лаври розташовані 140 будівель та споруд різного призначення: від давньоруських храмів до музеїв, свічного заводу та готелів. Лавра умовно поділена на дві частини: верхню, де міститься музейний комплекс Національного Києво-Печерського історико-культурного заповідника, та нижню, якою користується Українська православна церква Московського патріархату (УПЦ МП).

Троїцька надбрамна церква згадується ще в "Повісті временних літ" Нестора Літописця. Вона розташована над головними вхідними воротами до Києво-Печерської лаври на території музейного комплексу. Нині церква - у будівельних риштуваннях. Нещодавно почалася реставрація пам'ятки, оскільки вона перебувала в аварійному стані. На відновлення церкви виділили 17 мільйонів гривень.

Успенський собор заклали ще у 1073 році на гроші князя Святослава Ярославича. Князь не тільки подарував землю під церкву, а й власноруч копав рів під її фундамент. Храм був підірваний більшовиками під час Другої світової війни і відбудований у 2000 році. Зараз це музей. Лише на великі церковні свята в ньому правляться служби УПЦ МП.

Іконостас відбудованого Успенського собору відновлювали коштом німецьких платників податків. Уряд Німеччини виділив на це 200 тисяч німецьких марок, а Українсько-німецький економічний форум - ще 20 тисяч. Над іконостасом працювали закарпатські різьбярі.

Нижньою частиною лаври опікується УПЦ МП. На цій території знаходяться ближні й дальні печери. У них похований засновник Печерського монастиря Антоній. Також у печерах покояться мощі більше ста святих, зокрема, Нестора Літописця, Мойсея Угрина, Никона Печерського, Іллі Муромця. Прочани приходять у печери на зцілення. УПЦ МП встановила суворі правила для відвідування печер - вхід туди безкоштовний.

За радянських часів у Трапезній церкві був музей атеїзму, а замість теперішнього панікадила (люстри) висів так званий "маятник Фуко". Склепіння церкви унікальне, оскільки лежить просто на стінах храму і є копією склепіння Софійського собору в Константинополі. Трапезна церква є частиною музейного комплексу, але час від часу тут проводяться синоди УПЦ МП.

Трапезна палата і церква складають єдиний комплекс, але архітектурно розмежовані. Розбивку стін під живопис та проект іконостасу у Трапезній палаті зробив російський архітектор Олексій Щусєв, який пізніше збудував мавзолей Леніна у Москві. Зараз у Трапезній палаті УПЦ МП продає ікони та свічки.

На території нижньої лаври багато новобудов, за що критикують її настоятеля Павла. Митрополиту дорікають, що через зведення нових споруд Києво-Печерську лавру можуть виключити зі списку всесвітньої спадщини ЮНЕСКО. Натомість будівництво в лаврі не припиняється. На її території вже збудували чимало готелів, у яких проживають паломники.

Також церковників УПЦ МП критикують за перебудову в'їзної брами до нижньої лаври, через яку тепер може проїхати вантажівка.

До 2013 року в лаврі діяв центр лікування хворих на СНІД. За словами активістів Всеукраїнської мережі людей, що живуть з ВІЛ/СНІД, через зв'язки з тодішньою владою намісник лаври домігся, аби лікарню звідти виселили. До цих пір у приміщенні ведуться ремонтні роботи. На будівлі вже з'явились куполи.