2 квітня 1993 року федеральний уряд схвалює рішення про участь Бундесверу в операції НАТО у Югославії. Це було перше з часів Другої світової війни бойове завдання німецьких солдатів за кордоном.

Бундесвер бере участь у забезпеченні ембарго на постачання зброї до колишньої Югославії в Адріатичному морі, а також безпольотної зони над Боснією. Виконання німецькими солдатами завдань за межами території країн-членів НАТО спричинило внутрішньополітичної дискусії. Соціал-демократи й ліберали вважали участь Бундесверу в операціях у колишній Югославії такою, що суперечить конституції ФРН.

У своєму рішенні від 12 липня 1994 року Федеральний конституційний суд підтвердив, що Німеччина - як член ООН і НАТО - має право на участь своїх збройних сил у місіях цих організацій. Суд, однак, наголосив на тому, що кожну таку операцію має затверджувати Бундестаг.

Навесні 1999 року Бундесвер бере участь в операції НАТО "Союзна сила" - першій великій бойовій операції в своїй історії. Німецькі літаки Tornado ведуть повітряну розвідку й боротьбу з сербськими системами протиповітряної оборони. З погляду міжнародного права операція була сумнівною, оскільки Північноатлантичний альянс не мав мандата Ради Безпеки ООН на проведення операції.

У Косові тодішня червоно-зелена коаліція вперше використала збройні сили як політичний засіб за межами країни. Це спричинили значні внутрішньополітичні тертя. Опоненти заявляли про антиконституційну агресивну війну. Особливо дісталося Зеленим: 1999 року на одному з партійних конгресів у міністра закордонних справ Йошку Фішера кинули кулькою з фарбою.

Після терористичних актів 11 вересня 2001 року НАТО вперше в своїй історії задіює статтю 5 Північноатлантичного договору про колективну оборону. Уряд ФРН теж підтримує "війну з терором". У рамках операції "Нескорена свобода" Бундесвер бере участь у бойових діях в Афганістані та на морі в районі Сомалійського півострова.

Участь Бундесверу у боротьбі з тероризмом викликала суперечки в червоно-зеленій коаліції. Канцлер Ґергард Шредер (СДПН), який запевнив США в "повній солідарності" з боку Німеччини, пов'язав голосування щодо місії в Афганістані з голосуванням про довіру урядові - і здобув підтримку Бундестагу, хоч і з невеликою перевагою.

З 2002 року Бундесвер бере участь в операціях Міжнародних сил сприяння безпеці (МССБ) в Афганістані. За 13 років у цій країні загинули 54 німецькі солдати. Місія МССБ добігла кінця 31 грудня 2014 року. Відтоді 850 солдатів Бундесверу беруть участь у наступній операції - "Рішуча підтримка". Її метою є підготовка афганських сил безпеки.

4 вересня 2009 року внаслідок авіаудару по захоплених талібами автоцистернах з пальним загинуло більше сотні людей, у тому числі діти. Операцією, яку провели південніше Кундуза, командував німецький полковник Ґеорґ Кляйн. Це найбільше на сьогодні число жертв у місії Бундесверу.

З грудня 2012 року німецькі ракетні комплекси Patriot розташовані на південному сході Туреччини, яка попросила підтримки союзників по НАТО, побоюючись ракетних атак з боку Сирії. 256 німецьких солдатів дислоковані в анатолійському місті Кахраманмараш, що приблизно за 100 кілометрів на північ від сирійського кордону. Мандат місії закінчується у січні 2016 року.

З грудня 2008 року приблизно 318 німецьких вояків беруть участь в операції "Аталанта" в Аденській затоці та біля берегів Сомалійського півострову. Очолювана Євросоюзом операція має на меті захист гуманітарних вантажів та свободи судноплавства в регіоні, а також боротьбу з піратством.

Бундесвер також допомагає рятувати біженців у Середземному морі. У цій місії з квітня 2015 року беруть участь до 320 солдатів на фрегатах та кораблях підтримки. Операцію буде подовжено, і німецькі кораблі зможуть зупиняти човни контрабандистів, які переправляють людей з Лівії до Італії, накладати на них арешт, а за потреби - знищувати.

За 60 років існування Бундесверу 106 німецьких содатів загинули в операціях за кордоном. Урочисто відкритий 8 вересня 2009 року Меморіал Бундесверу в Берліні вшановує пам'ять загиблих також за межами Німеччини вояків.