1991年德甲首次實行「黃紅牌」制度－一場比賽中連續得兩張黃牌的球員將被出示紅牌並罰下場。斯蒂凡.埃芬貝格是第一個有幸見到這一被稱為「交通燈牌」的德甲球員。1992年，比賽規則中又引入新規定:守門員不再被允許用手接本隊隊員用腳傳回的球。在這一賽季，德甲首次實行三支球隊降級制。1995年，德甲實行一場勝得三分制，每場比賽最多可替換三人，球員球衣背後要印有固定號碼和名字。

九十年代也是德甲越來越「對外開放」的年代。1992/93賽季，每支球隊的外國球員限量被提高到三人。1996/97賽季開始，德甲開始不再限制球隊中來自歐洲足協聯合會成員國的球員數量。

九十年代的德甲，無論是奪冠之爭還是保級之戰都變得更加激烈和富有戲劇性。九十年代的五個德甲冠軍都是在最後一個比賽日才見分曉的，有三個球隊在最後一場比賽哨聲吹響時還處於降級的位置，哨音結束後卻儌倖逃脫了降級的命運。

拜仁慕尼黑在九十年代奪冠四次，仍是德甲中的首強，但是它的地位卻不如七、八十年代那樣穩固。「紅魔」凱澤斯勞滕在九十年代奪得兩次德甲冠軍，一次是在1991年，一次是在1998年。「紅魔」的第二個德甲冠軍同時也是「奧托皇帝」－裡哈格爾在德甲歷史上寫就的前無古人、後無來者的奇跡－升班馬奪冠。1995/96賽季，被拜仁請去的裡哈格爾在賽季即將結束時被貝肯鮑爾無情逐出；而也是在此賽季，凱澤斯勞滕降級德乙。之後，裡哈格爾在凱澤斯勞滕臥薪嘗膽一年，率「紅魔」重返德甲，主客場兩度痛斬拜仁兵團，並最終壓住拜仁奪得賽季冠軍，寫就升班馬奪冠神話。裡哈格爾在淋漓痛快地雪恥之後，當面告訴貝肯鮑爾做人不要太絕。

斯圖加特在1991/92賽季奪得了該俱樂部首次、也是迄今唯一的一次德甲冠軍，它的主帥就是此後在德國足壇上大起大落的風雲人物－克里斯托夫.道姆。不過，奪冠的斯圖加特隊並不是最好的斯圖加特隊。1996/97賽季，巴拉科夫、博比奇和埃爾伯組成的斯圖加特「魔力三角」讓人看得眼花繚亂，這樣漂亮瀟灑的足球在德甲此後鮮有出現。

九十年代，多特蒙德在希斯菲爾德的調教下連續兩次德甲奪冠，並且還獲得過一次歐洲職業足球的最高榮譽－歐洲冠軍杯冠軍。希斯菲爾德從此成為了德國的第一大牌教練。

九十年代後半期，列沃庫森三次追趕拜仁未果，因此有了褒獎中帶有幾分苦澀和嘲諷的稱號－「永遠的老二」。這一切歸功於克里斯托夫.道姆，自從1996年他執教列沃庫森之後，德甲的冠軍之爭更加驚險刺激，德甲變得更富有激情，而他本人似乎注定成為劇中的悲情英雄。德甲進入21世紀後的第一年，被指定為國家隊教練的道姆栽在了吸毒醜聞上。

九十年代的最後一個賽季，拜仁強大無比，簡直是打遍德甲無敵手，最後以高出第二名15分的成績奪得20世紀的最後一個德甲冠軍。

八十年代中後期到九十年代，德國足球在世界足壇上依然是強中強，奪得過1990年的世界盃冠軍和1996的歐洲錦標賽冠軍。這兩屆國家隊的隊員，如馬特烏斯、克林斯曼、沃勒爾、科勒、布萊默、哈斯勒、薩默爾、比埃爾霍夫、埃芬貝格夫等人成了歐洲足壇的一代驍將，在德甲中也是星光閃爍。

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