1979年2月1日，霍梅尼乘坐法國航空公司的客機結束流亡生涯，回到久別的德黑蘭。一名記者問他「現在什麼感覺」，霍梅尼答道：「我沒有感覺」。情感屬於世俗范疇，而霍梅尼是真主的使者。

1978年12月10日、11日兩天裡，估計有600萬至900萬人在伊朗各大城市走上街頭，這些抗議活動基本上是和平的，而同年9月8日舉行的抗議活動期間則發生了流血鎮壓。以巴列維國王為首的政府清楚，政權被推翻已是指日可待，毋庸置疑，將取代自己的將是宗教領袖霍梅尼。

還在流亡期間，霍梅尼對伊朗國王為解放婦女頒發的新政發動抨擊。新政包括，1963年伊朗婦女獲得了普選權。即便如此，大部分伊朗婦女熱切盼望霍梅尼回歸，希望伊朗君主制就此終結。

1971年伊朗國王和王後在波斯古都波斯波利斯（Persepolis）舉行盛大慶典，紀念2500年前誕生的波斯帝國。許多國家元首均到場慶賀。霍梅尼也從流亡地發來「賀電」，稱伊朗現行的君主制「殘忍、邪惡，同伊斯蘭教義背道而馳」。

這是巴列維國王和王後1979年6月在流亡地墨西哥庫埃納瓦卡市（Cuerna Vaca）。在伊朗伊斯蘭革命的浪潮中，巴列維國王不得不在當年1月16日率王室逃離德黑蘭，次年7月27日，因癌症不治死於埃及開羅市。

1979年1月，伊朗首都德黑蘭的街道上，伊朗士兵同平民相互問候。士兵手持象徵和平的丁香花迎接和平。2月11日，伊朗軍隊宣佈保持中立。儘管如此，2月與4月間，革命法庭仍然將數名將軍判處死刑。

霍梅尼返回伊朗後，立即宣佈迄今的君主制、伊朗政府以及議會為非法。他說，「我將任命一個新政府。我這樣做，基於這個民族對我的信任。」伊朗研究學者認為，在1979年年初，霍梅尼的這番話並非自欺欺人，而是當時的現實。

巴扎甘（Mehdi Bazargan，1908-1995）自上世紀三十年代起就參加反對派運動同巴列維王朝做鬥爭，因此曾遭到多年的監禁。霍梅尼任命巴扎甘為政府第一總理，但後者卻批評霍梅尼，稱其是「戴頭巾的君主」。巴扎甘在總理的位置上只坐了9個月。

1979年11月，伊朗激進大學生佔領了美國駐德黑蘭大使館，並將使館人員扣留作為人質。這一行動前有傳言說，美國將保護巴列維國王重返伊朗。霍梅尼巧妙利用這一革命聲勢，將新憲法的批評者稱為「美國的盟友」給予打壓。作為宗教最高領袖，霍梅尼也是伊朗憲法制定的最高決定者。

1989年，哈梅內伊（Ali Chamenei）被專家委員會推舉為霍梅尼的繼承者，直到今天，哈梅內伊的地位凌駕於所有機構之上。現年79歲的他並沒有前任霍梅尼的特殊魅力，但他卻忠實代表了強硬派的保守立場：拒絕任何制度性改革，毫不留情地鎮壓反對派人士。