據德新社報導，台灣海基會會長江丙坤在圓山飯店為陳雲林一行舉行了簡短的歡迎儀式，他在致詞中表示，這是由全世界見證的歷史性一刻，為了這一刻的到來，海峽兩岸已經等了足足60年。陳雲林代表大陸人民向台灣同胞問好。他還在講話中表示，只有通過對話兩岸才能建立互相的信任，只有通過合作才能實現雙贏。

根據周六台灣海基會公佈的行程，陳雲林與海基會會長江丙坤的會談將於周二進行，隨後海協會和海基會將簽署協議，然後分別召開記者招待會公佈細節。陳雲林預計也會在這一天會見台灣陸委會主席賴幸媛。周三，陳雲林將參加兩場關於兩岸合作的座談會。周四，陳將出席兩岸互贈動物儀式，大陸向台灣贈送大熊貓"團團"和"圓圓"，台灣向大陸贈送梅花鹿。至於什麼時候會見馬英九，海基會並沒有公佈，外界猜測有可能會在周四下午進行。

德國科隆大學台灣問題專家赫爾曼‧哈爾布埃森博士認為，這次陳雲林訪台是履行今年6月間兩岸兩會領導人在北京會談的繼續。這種對話的機制是有利於兩岸關係的良性發展的，但是他不認為這次訪問會給兩岸之間根本問題的解決帶來突破。他說："如果我們要用'歷史性'來形容這次訪問的話，那必須要有根本改變台灣海峽兩岸關係的進展，而這種進展在這次訪問中是肯定不能實現的。"

據鳳凰資訊網報導，由於前不久發生了張銘清遭遇綠營人士暴力追打事件，此次為保護陳雲林安全，台灣方面出動了大量警力，以保證陳雲林的絕對安全。桃園機場戒備森嚴，而在陳下榻的圓山飯店，每天至少有800名警力執勤，海協會人員住的8樓、9樓，以及陳江會的 10樓、12樓，都由警方人員駐守。此外，台灣方面還派出40名貼身保鏢，隨時保障陳雲林的安全。不僅群眾沒辦法接近，就連記者、參與活動的人士都經過了嚴格的過濾。足見台灣當局對此次來訪活動的重視程度。

此前，民進黨曾經於10月25日舉行大規模遊行示威活動，抗議陳雲林訪台。台灣獨派團體更是公開以發給獎金的懸賞方式，鼓動民眾對陳雲林丟擲雞蛋以表示不滿。台灣司法部門已經警告民眾保持冷靜，相關不理性行為有可能構成刑事犯罪。據德新社報導，一些在台灣生活的西藏獨立人士也試圖利用這次機會進行抗議。大約70名藏人意欲通過從台北海岸登陸，行進到桃園機場"歡迎"陳雲林，但是還沒有走到路上，就被警方攔截，隨後這些人因為沒有攜帶身份證件而被扣押。

德國科隆大學台灣問題專家赫爾曼‧哈爾布埃森博士認為，反對派的示威活動表明，兩岸之間的互信還有待於進一步建立。他說："雖然民進黨的遊行活動也是為了實現其黨派的政治目的，但是這也在一定程度上反映了一些台灣民眾的恐懼心理。"