中國目前是菲律賓最重要的貿易夥伴，但因兩國在南海主權問題上的巨大爭議，也被菲律賓視為一大威脅。2023年，中菲兩國海警船多次在爭議島礁水域發生衝突、碰撞，北京和馬尼拉相互指責對方危險挑釁、違反國際法。

2016年7月，設在荷蘭海牙的常設仲裁法院（PCA，內景圖）宣佈對菲律賓南海仲裁案的裁決，全面否定了中國長期堅持的「九段線」內對南海海域和島礁擁有的歷史權利，也幾乎全面認同了菲律賓方面提出的一應訴求。裁決招致中國方面嚴詞反駁。中國稱仲裁結果是「非法、無效」的，並表示「不接受」、「不承認」。

2016年上任的菲律賓總統杜特蒂认為，北京從未參與這一菲前任政府提請的仲裁，因此這是一份對中國沒有約束力的文件，並說「其實根本沒有仲裁」。杜特蒂在執政期間擱置了菲中在南海問題上的主權爭議，以此換取中國的投資和貿易。

普遍評價認為，杜特蒂上任後採取接近中國、疏遠美國的路線。菲律賓減少了同美國的聯合演習等軍事合作，同時尋求中國的投資，包括用於發展該國的基礎設施建設。不過《紐約時報》引用的數據顯示，在杜特蒂任總統期間，中國只兌現了其承諾在菲律賓投資240億美元中的3%。

2022年5月當選菲律賓總統的小馬科斯改變了前任的對外政策，重新加強與美國的聯盟和防務合作，包括重啟美菲在南中國海的聯合巡航，並重提維護南海仲裁和菲律賓的主權，堅稱「不會允許我們的海洋權利受到一毫米的踐踏」。 菲律賓開始高調譴責北京入侵馬尼拉的200海裡專屬經濟區，驅趕菲律賓漁民。

2023年元旦過後，小馬科斯訪問北京，受到中國領導人習近平的隆重接待。雙方強調了中菲睦鄰友好關係，以及以友好協商方式處理「海上問題」的願望。之前在2022年7月，小馬科斯對到訪的中國外長王毅表示，對馬尼拉和北京之間的「交流」持開放態度，「西菲律賓海並不是我們的關係中唯一的一個方面。」

2023年2月，美國防長奧斯汀宣佈與菲律賓達成協議，美國軍隊獲准進入菲律賓另外四個軍事基地。這意味著美軍將擴大在菲律賓的部署，尤其是針對中國在南海和台海的軍事存在。此舉激怒了北京。中國外交部指責美國是在加劇地區局勢緊張，危害地區和平穩定，並稱「地區國家應當對此保持警惕，避免被美裹挾利用」。

菲律賓稱為阿雲津礁、中國稱仁愛礁的一處環礁成為中菲領海爭端的聚焦點。1999年，菲律賓將一艘舊軍艦「馬德雷山」號擱淺在該處，並派人駐守。中方一直要求菲律賓將船拖走，並一再阻撓運送補給的船隻。

2023年下半年，菲律賓多次指責中國海警船阻攔菲補給船接近環礁。10月和12月發生兩次船隻碰撞事件，菲律賓方面指責中國海警用水炮攻擊菲船隻。2023年2月，中國海警還向一艘菲律賓船隻使用「軍用級別的雷射」，導致菲律賓船員短暫失明。