中印邊界總長近2000公里，另外還有12萬平方公里的區域存在領土糾紛。有領土糾紛的邊界涉及西段（600公里）、中段（450公里）和東段（650公里）3個部分。2020年5月，中印在錫金北部發生衝突（中段）；6月16日，中印在拉達克的巴勒萬河谷（西段）發生士兵肢體衝突，造成數十人傷亡，至少印方稱有20名士兵死亡。

馬克馬洪線(McMahon Line，東段線)是一條英國探險家測量印度時畫下的一條英屬印度同西藏之間的邊界。1914年，英國外交官麥克馬洪召集中、印、藏三方會議，由於中華民國不同意分割西藏的麥克馬洪線、藏方未能得到事先秘議的獨立轉而也放棄承認麥克馬紅線，結果中藏均沒有簽署《西姆拉條約》。印度和緬甸則認為麥克馬洪線是歷史疆界。時至今日，中華人民共和國雖然拒絕承認麥克馬洪線，但把它看作是實際控制線。1962年中印之戰中，中國軍隊雖然一度佔領了該地重鎮達旺，但後來撤回到實際控制線以北。

藏南在印度被稱為「阿魯納恰爾邦」（Arunachal Pradesh，東段線），面積約為6萬平方公里，位於喜馬拉雅山脈的南側。它的西面是不丹，東面是緬甸，向南是印度，北邊是中國的西藏。中國稱該地為藏南，屬於西藏自治區行政區劃。不過，按照「麥克馬洪線」的劃分，該地屬於印度，印度也實際控制該地，只是藏方以及中華民國當年均拒絕在條約上簽字。中華人民共和國成立後延續這一路線。1948年，剛剛獨立的印度開始派兵進入這個地區，1960年，印度完全佔領了麥線以南部分，中國控制麥線以北。1972年，印度在該地成立阿魯納恰爾中央直轄區，1987年，該區改為「阿魯納恰爾邦」。

英國於1887年強佔錫金國，次年出兵西藏。1950年，獨立之後的印度稱為錫金的保護國，1975年正式將其納為「錫金邦」。2003年，印度總理瓦傑帕伊訪問中國後，北京承認新德里對錫金的主權，同時印度亦承認中國對西藏主權。2005年之後中國出版的地圖上已不再將錫金標注成主權國家。

1960年4月，中印兩國政府為尋求解決領土爭端，由中國總理周恩來與印度總理尼赫魯在新德里會談，但未取得共識。1962年中印邊境戰爭爆發。中國軍隊當年10月20日從邊境的東西兩處同時發起進攻時，兵力是印度軍隊的5至10倍。中國軍隊當時一直深入到印度今天的阿魯納恰爾邦省和喜馬拉雅地區。整個戰爭延續了一個月，總共造成2000人喪生。1962年11月20日，中國單方宣佈停火，並撤至麥克馬洪線後20公里處。戰爭之後中印關係因邊界衝突走入低谷。

1988年12月19日至23日，印度總理拉吉夫‧甘地對中國進行正式訪問並與鄧小平會晤。這是34年來印度總理首次訪問中國。這次訪問被看作是中印關係經過多年的緊張期之後開始轉暖的標誌。1993年，印度總理拉奧（ Narasimha Rao）訪華期間，雙方簽署了《關於在中印邊境實際控制線地區保持和平與安寧的協定》。這次訪問標誌著中印關係開啟了一個新的時代。自上世紀九十年代以來，中印雙方共簽署了5個有關和平解決邊境衝突的協定。

自2003年中印建立邊界問題特別代表會晤機制以來，雙方已舉行22輪特代會晤。印方的特別代表是國家安全顧問，中方最高代表則多為外交部長。中國國家主席習近平同印度總理莫迪之間的互動相當頻繁。

佔地約100平方公里的洞朗（Doklam）是中國和不丹之間存有爭議的地區，印度也從未對該地宣示過主權。2017年6月，印度以「接到不丹政府的求助」、「支持不丹主權」為由，派兵越過中印邊界，阻止中國在那裡修筑公路，形成同中國軍隊長達71天的對峙。不丹是中國14個鄰國中唯一一個沒有與中國建交的國家，其國家的外交權和防務權掌握在印度手中。2014年莫迪以總理身份第一個訪問的國家便是不丹。

5月5日，在位於拉達克地區的海拔四千多米的班公錯湖（Pangong Tso lake，西段），中國和印度軍方人員相互投擲石塊、木棒、鐵棍等，雙方都有人員受傷。5月9日，印度錫金邦那圖拉山口（中段），中印軍人相互投石併發生肢體衝突，有數十人受傷。 6月16日，在加勒萬河谷（Galwan valley，西段）的中印士兵衝突中，有3名印度士兵在與解放軍的衝突中死亡。當天稍晚時，印度軍方宣佈印度士兵的死亡人數提升至20人。