驗票之後，高等法院將對有爭議選票做出裁決，因此，5月20日陳水扁的宣誓就職儀式將如期舉行。

台灣周一開始重新檢驗3月份總統選舉的所有選票，目的在於緩解因陳水扁以微弱優勢獲勝而在執政黨和在野黨之間引發的一場激烈爭鬥。

據法院官員說，在高等法院的監督和嚴密保安措施的伴隨下，驗票人員重新清點總共1650萬張選票。

大多數觀察家認為，重新驗票的目的是確認大選結果。參與驗票的有480多個驗票小組，包括司法人員，律師以及民進黨和國民黨為首的在野黨的代表。

國民黨主席連戰說：「只要司法驗票過程能夠公平，公正，透明和獨立，那麼我們都會接受驗票結果。」連戰說：「我們今天開始做的工作不是為了某個個人或黨派，而是為了一個民主，公正和公平的體制。」

連戰在3月20日的總統選舉中敗給總統陳水扁，但他們之間的選票差距不到3萬張，或是0，22個百分點。

在野的國親聯盟在選舉之後提出「當選無效」和「選舉無效」 兩項訴訟。在他們看來，陳水扁和呂秀蓮在選舉前一天遭槍擊，受輕傷的事件是執政黨蓄謀的，以在選民中贏得同情票。

反對派還指責民進黨在槍擊事件發生後下令使軍隊處於待命狀態，從而阻止士兵選舉。而軍隊傳統上是國民黨的支持者。

驗票小組將檢驗所有1650萬張選票，包括有效選票和空白票，並與選民登記名單對照。

約1350萬選票為有效選票，33萬張選票被宣佈無效。這些廢票將在重新驗票過程中扮演關鍵性角色。

周一驗票第一天就有驗票中心傳出有關選票丟失和總統選票放到公投票箱的報導。

高等法院一名發言人說：「驗票持續的時間要看存在爭議，需要法院做出決定的選票到底有多少。」

雙方陣營都呼籲其支持者在法院對選舉結果做出最後裁決之前保持鎮靜。法院的決定估計不可能在5月20日陳水扁宣誓就職儀式之前做出。

國民黨一位發言人說：驗票工作預計將在5月20日之前結束，不過法院對有爭議選票的裁決需要多長時間就不得而知了。

民進黨計劃舉行盛大的總統宣誓就職儀式，邀請外國政要和20萬名客人參加，而反對派則在考慮組織示威活動。

總統選舉結束之後，國親聯盟曾組織大規模的抗議活動，共有50萬人參加。陳水扁迫於民眾的壓力，同意重新驗票。

由於驗票給台灣政治帶來的不穩定，台灣股市周一跌到今年的最低點。