經過連月來的偵辦，台灣前第一家庭涉及的國務機要費案、海外洗錢案等四項弊案偵結，不知是求慎重，還是巧合，特偵組選在12月12日15點15分宣佈起訴內容。特偵組主任陳雲南表示，陳水扁在總統宣誓就職中曾經宣示，如果有貪贓枉法之行為願受國法最嚴厲之制裁，而檢方認為陳水扁知法犯法、犯後不斷攻訐司法，甚至教唆部屬做偽證，毫無悔意，因此建請法院給予最嚴厲之制裁，並請依貪污治罪條宣告剝奪公權。

對於前第一夫人吳淑珍，檢方認為，吳淑珍身為總統夫人，理當輔佐總統，盡心國事，況且長期享受國家最優渥俸給，生活已甚富裕，竟用總統夫人地位，為圖夫妻及子女私，巧取公務及私人巨額不法財物，再以人頭洗錢隱匿犯罪所得財物，任意指揮政府官員，大肆干政，檢方也向法院籲請從重量刑。

此外，一直宣稱自己只是被指揮支配對象的陳致中和黃睿靚兩人，檢方在起訴書中強調兩人並未就海外資產進行全面交代，未見悔意，惡性不輕，因此也請求從重量刑。

特偵組終於偵結前總統陳水扁及其家族所涉及的多項弊案，多名國民黨立委表示這是還台灣人一個公道。不過對於沒有具體求刑的部份，仍有一些國民黨立委感到不滿。之前經常揭露前第一家庭貪瀆情事的立委邱毅認為，公訴檢察官並不瞭解案情，沒有特偵組具體求刑的指標，案子可能會拖上十幾年，到時就會重案輕判。邱毅甚至直言，這是曾被陳水扁提拔的檢察總長陳聰明介入的結果。邱毅說。「重犯輕判的可能性已經很高了，因為陳水扁終歸做過8年總統，提拔過陳聰明，所以不能具體求刑。陳水扁在司法界的案樁太多了，這些案樁的黑手我現在才發現超乎我們的想像。」

根據檢方的起訴書內容，陳水扁、吳淑珍就上述犯罪之法所得，總計將近台幣6億元。全案共有14名被告，除水扁家4人外，其餘10人因為對案情均有詳盡供述，檢察官請求從輕量刑或免刑。