「這個海島面臨巨大的挑戰，需要和解。它要處理好與具有威脅性的中國的關係、改革有缺陷的政治機構、重新振興經濟，但現在獲得的卻是新的憤怒和動蕩。選舉之日並非戰役結束之日，而是一場新戰役的開始之時。無論法院如何裁決選舉結果，可以肯定地是，與四年前相比，陳水扁與他的民進黨有了巨大的增長。不幸的是，他的成就更多是靠思想意識動員、而不是靠實際政策取得的。」

在評論台灣公投失敗對兩岸關係的影響時，法蘭克福匯報寫道：

「保守的國民黨不支持公投，這是肯定的。但是陳水扁不只受到反對黨、同時也受到自己陣營中的一部分人的牽制。台灣人認為，以公投向中國挑釁，顯然太危險，許多人認為沒有必要。台灣年輕的民主做出了自主和有區別的抉擇：選民使陳水扁第二次當選，但卻沒有為他的政策開出通行證。

北京將利用這次失敗的公投為自己的政策服務，但在今後四年內，北京想繼續無視台灣總統就很困難了。所謂的搗亂分子再次當選，想必使中國政府看到，台灣正在日益離大陸遠去。在北京看來，連戰無疑是合適的人選，但即使連戰當總統，台灣也不會屈服於北京毫不妥協的『一個中國』政策，再說國民黨也有了變化。台灣的大陸政策波動於保持現狀和獨立之間，連戰與陳水扁的區別更多在於風格，而並非在於原則。」

「台灣總統的勝利與失敗」是新蘇黎世報一篇評論的題目。評論也認為綠營與藍營這次打了個平手：

「如果說國民黨沒有能贏得總統大選，那麼它至少成功地推翻了公投，在這個領域打敗了陳水扁。如此看來，選舉取得了互為平衡的結果。台灣人選了陳水扁，但卻沒有足夠的人數參加公投。這樣的結果向外界發出了兩個在一定程度上不相上下、不同的政治訊號：台灣以陳水扁的再次當選強調了自己的獨特的身份，這樣的身份與北京『一個中國』的教條絕不相容。而公投不成功則表明，人們對形式上宣佈獨立持很大保留態度。即使台灣總統對獨立旗幟鮮明，台灣人現在仍然要保持政治現狀。」