"舊政府、新國會"

台灣的總統與立委選舉合並辦理，但依法立委須於2月1日到任，距離5月20日新總統就職將近4個月，出現"舊政府、新國會"的現象。由於行政院已經提出內閣總辭，因此，馬英九總統向總統當選人蔡英文表示，希望由取得國會多數席次的民進黨組閣，以求政局穩定。

不過，蔡英文對此態度保留，認為由多數黨組閣存有憲政爭議。她並表示，只要看守政府能夠謹守本分，尊重國會，順利完成交接，她也願意在新國會就任後要求民進黨立委，絕對不可以故意刁難或羞辱行政官員。

民進黨提總統交接條例

馬英九拋出"多數黨組閣"，民進黨除了拒絕接招，立委李俊俋還提出"總統職務交接條例草案"，希望立法院新會期開始後盡速通過。根據草案內容，新總統選出後，高階官員人事必須凍結，而且這段交接期，看守內閣不宜推動新政策、新預算。李俊俋還主張，總統當選人需要瞭解政策推動現況，各部會不得拒絕提供簡報。

但國民黨立委批評，這是僭越總統職權，國民黨政策會執行長賴士葆表示，憲法寫得很清楚，總統與國會同一政黨，傾向總統制，反之就是內閣制，馬總統守規矩將組閣權給最大黨，民進黨卻用交接條例轉移焦點，等於是讓政府停擺，拖垮台灣四個月。

綠營要求馬總統提前請辭

蔡英文拒絕多數黨組閣，要求國民黨政府好好看守，但馬總統強調，他的字典裡沒有"看守"2個字，會做到5月19日為止。民進黨立委吳秉叡批評，馬總統不想看守，又要多數黨組閣，那行政院長到底要聽誰的？

藍綠兩大政黨為多數黨組閣爭論不休，究竟該如何解決520前空窗期，本次選舉與民進黨合作密切拿下五席立委的新政黨，時代力量黨主席黃國昌建議，馬總統可提前於3月20日與蔡英文交接，意即3月19日馬總統就要先請辭。

藍綠須對雙首長制達成共識

依照憲法規定，行政院是國家最高行政機關，必須對立法院負責，既然民進黨是新國會的多數黨，理當負起組閣責任，但民進黨顯然不願在此時接手一個須和馬英九總統配合的內閣。

有人主張應該修法，使總統與立委就職日同步，不過，師范大學教授曲兆祥指出，這樣的建議是治標不治本，因為總統有權解散國會，政府體制仍有可能面臨總統與國會多數黨分屬不同政黨的情況，因此，台灣內部要對與總統與行政院長的雙首長制達成共識才是根本關鍵。