在總統府宣誓之後，馬英九正式成為台灣新任總統，也宣告馬英九時代來臨。稍後馬英九在就職典禮上，發表長二十七分鐘，名為"人民奮起．台灣新生"的就職演說。對於各界關切的兩岸議題部分，他以三分之一的時間說明未來兩岸關係的發展。馬英九希望海峽兩岸能抓住當前難得的歷史機遇，共同開啟和平共榮的歷史新頁。他強調，將以最符合台灣主流民意的"不統、不獨、不武"的理念，維持台灣海峽的現狀。

對於中國領導人胡錦濤近來三次有關兩岸關係的談話，馬英九強調兩岸應"和解休兵"，他表示，兩岸人民同屬中華民族，本應各盡所能，齊頭並進，共同貢獻國際社會，而非惡性競爭、虛耗資源，以世界之大、中華民族智慧之高，台灣與大陸一定可以找到和平共榮之道。

馬英九在演說中也特別表達和台灣之間的情感。他指出，從宣示就職的這一刻開始，他深知個人已肩負台灣兩千三百萬人民的付託，這是他一生最光榮的職務，也是他一生最重大的責任，他雖然不是在台灣出生，但是台灣是他成長的故鄉，是親人埋骨的所在。他尤其感念台灣社會對他這樣一個戰後新移民的包容之義、栽培之恩與擁抱之情，他義無反顧，別無懸念，只有勇往直前、全力以赴。

馬英九這篇面面俱到的演說，受到在場觀禮的貴賓熱烈的回應，現場群眾的加油鼓掌聲更幾度打斷馬英九的演說。不過由於在兩岸相關議題，並沒有預期以外的重大突破言論，因此台灣股市重挫226點，就職慶祝行情並未出現。事實上，包括2000年和2004年總統520的就職當日，台股都是收黑。

除了股市不捧場，由執政黨成為在野黨的民進黨立委也批評馬英九的演說內容不但沒有新意，對於兩岸休兵的論述，更是自我陶醉，而且馬英九甚至還朗讀胡錦濤的16字箴言，無疑就是自我矮化，民進黨立委更質疑，馬英九在內政工作除了清算民進黨，完全沒看到未來價值。但藍營立委提出反駁，認為馬英九在兩岸關係上的務實態度，比起過去陳水扁任內兩岸閉鎖的關係，馬英九兼顧台灣尊嚴也對大陸釋放善意，馬英九的台灣定位已經獲得民心。