在國民黨退守台灣的頭30年裡，內戰氛圍濃厚，國共有數次小規模交戰。台灣方面高喊「反攻大陸」、「漢賊不兩立」，北京則要「解放台灣」，海峽兩岸呈現緊張、對峙局面。朝鮮戰爭爆發後，美國艦隊進入台灣海峽。1955年初，共產黨攻下一江山島，中華民國海軍在美軍協助下撤退，這被稱作「第一次台海危機」。中華民國政府的有效統治範圍從此退至台澎金馬，並延續至今。

《告台灣同胞書》至今共發表五次。第一次是在1950年，提出要完成解放台灣的任務。第二、第三和第四次均在1958年金門炮戰（也稱八二三炮戰）的背景下，要求台灣共同對付美國為首的帝國主義，團結一致對外。該炮戰（圖）也被稱作第二次台海危機。

最著名的《告台灣同胞書》則是1979年1月1日發表的第五版，其內容主要是商討結束兩岸軍事對峙狀態，並提出擴大兩岸交流。中共停止了從1958年開始對台灣諸島的炮擊，國共軍事衝突告一段落。該文被視為北京對台政策的轉變。

同樣在1979年1月1日，美國與中華人民共和國建交（圖為時任美國總統卡特訪華），與中華民國斷交，同時通過《台灣關係法》。在該背景下，當時已經掌握中共實權的鄧小平提出「一國兩制」的構想。該政策被用在解決香港和澳門回歸問題上。

對於北京方面呼籲「相逢一笑泯恩仇」、提出「一國兩制」方案，中華民國政府沒有做出回應。據歷史文獻，蔣經國曾在致函宋美齡時稱，「此固為『匪』統戰之一貫手法，但願已推向另一更邪惡之層次方向，兒將一貫的置之不理並密切注意其後續發展伎倆」。

1986年，台灣第一個反對黨「民主進步黨」（民進黨）成立。民進黨在1991年公開其主張台灣獨立的政治綱領。台獨運動也逐漸在台灣民間興起（圖）。1990年就任台灣總統的李登輝大幅度調整了大陸政策，放棄了蔣經國堅持的「不接觸、不妥協、不談判」的「三不」政策，開始尋求兩岸「分裂分治」的合法化。

隨著台北的態度變化，兩岸關係又趨緊張。1995年初，中共第三代領導人江澤民提出《為促進祖國統一大業的完成而繼續奮斗》講話的八項主張（也被稱為「江八點」），就「兩岸如何達到和平統一」、「沒有統一之前的過渡時期如何辦」這兩個問題表明立場。

1995年6月，時任總統李登輝對美國進行了「非官方」訪問（圖），打破17年間未有台灣高官訪美的慣例。這引發北京強烈不滿，於1995年7月和1996年3月中華民國總統選舉期間分別進行大規模導彈演習。為此，美國派航母協防台灣海峽。而李登輝直選中成功連任，成為中華民國第一位民選總統。

1999年7月，台灣總統李登輝在接受德國之聲採訪時（圖），將兩岸關係定義為「特殊國與國關係」，即「兩國論」。而當時被李登輝召入國安會的蔡英文，被認為是「兩國論」的起草人之一。該事件引發地區緊張以及世界輿論的極大關注。而在台灣方面，強烈支持「兩國論」的民進黨在2000年的總統選舉中勝出，陳水扁成為新一任總統。

陳水扁上台後，他於2002年8月在日本提出「台灣跟對岸中國一邊一國」，並主張「公民投票」決定「台灣的前途、命運和現狀」。在2004年連任後，陳水扁及其民進黨繼續激進的台獨政策。

北京方面，在中共第四代領導人執政下，《反分裂國家法》於2005年3月通過，這是一部針對兩岸關係的基本法。同年4月，中共總書記胡錦濤會見時任國民黨主席連戰（圖），實現國共領導人歷史性握手，胡錦濤對兩岸關係發展提出基於認同「九二共識」的看法。

1992年11月，中國大陸的兩岸關係協會與台灣的海峽交流基金會就兩岸問題在香港舉行會談，雙方口頭協商形成不成文默契，被稱為「九二共識」，其主旨即為一個中國原則——「大陸和台灣同屬一個中國」。2000年，時任台灣行政院陸委會主席蘇起將「九二共識」闡述為「一個中國，各自表述」（即「一中各表」），並隨後將其列入國民黨黨綱中。

2008年中華民國總統選舉中，民進黨敗北，馬英九上台。由於馬英九接受「九二共識」，兩岸關係在他擔任總統的八年裡顯著改觀，經貿往來與合作大幅增加。2015年11月7日，馬英九與中國國家主席習近平在新加坡舉行會面（圖），打破了兩岸領導人1949年以來不見面的禁忌。同年5月，時任國民黨主席朱立倫也在北京人民大會堂與習近平舉行會晤。

2016年的大選中，民進黨主席蔡英文以超過56%得票率的絕對優勢，擊敗朱立倫、宋楚瑜，成為台灣歷史上第一位女總統。蔡英文拒絕承認「九二共識」。在2019年1月1日的新年講話中，蔡英文提出「四個必須」，喊話北京「必須正視中華民國台灣存在的事實」 ，並將中國「試圖介入台灣政治與社會的發展」視為台灣當前「最大的挑戰」。

在北京方面，2012年成為中共第五代領導人的習近平就對台政策做出調整。自蔡英文上台後，北京加大了在國際外交等多層面對台灣的施壓，兩岸關係明顯降溫。2019年1月2日，習近平《告台灣同胞書》40周年紀念會上發表演說，以五大原則闡述對台方針，強調推動和平統一，但也明言不放棄武統。