六月份，美國最高法院作出裁決，認定總統單方面設立軍事法庭違反憲法。布希的講話是對最高法院裁決的回應。同時，五角大樓周三宣佈了對待囚犯的新的規定，其中禁止在審訊過程中動用狼狗威脅，或者對囚犯進行性羞辱。

美國總統布希近日連續就恐怖主義問題發表講話，在他的第三次講話中，布希首次正式承認美國在海外設有中央情報局的秘密監獄，但他沒有提及這些秘密監獄的具體地點。布希說，那些在秘密監獄裡通過嚴厲審訊獲得的情報在世界範圍內阻止了恐怖襲擊的發生，挽救了人們的生命。

14名疑犯已從這些秘密監獄轉移到關塔那摩監獄。其中包括不少重量級的嫌疑人和參與策劃「九一一」事件的基地組織成員。布希要求國會為他在關塔那摩設立的軍事法庭創造必要的法律基礎，以保證這些人能夠得到審判。他說：「只要國會批准我所建議成立的軍事委員會，那麼這個被我們的情報機構認定的、策劃造成近三千名美國公民死亡的『九一一』事件的傢伙，就最終能夠得到法律的制裁。」

今年6月，美國最高法院判定，由於沒有得到國會的批准，因此設立關塔那摩軍事法庭違法憲法。此外，布希要求國會對日內瓦公約中有關對待被俘人員的第三條重新解釋，即美國軍方和中央情報局工作人員不會在對待被俘人員的問題上負法律責任。

布希表示在對待被俘人員上要採用人道的方法，允許他們會見律師，也同意國際紅十字組織檢查。對那些關押在關塔那摩，但並沒有接受審判的在押人員，布希說，人們還在努力將著這些人遣返回國。「美國沒有興趣成為世界的看守所。」

到目前為止，已經有三百名關塔那摩的在押人員被遣返回國，仍然在押的人員是450人。布希說，最終的目標是關閉關塔那摩監獄。同時，美國軍方在周三制定了新的對待在押人員的注意事項。其中規定，對待在押人員的方式必須符合日內瓦戰俘公約的規定。明確制止一些受到爭議的審訊方法，比如用水淹囚犯或者脫光他們的衣服。