2016年3月31日，艾爾多安因「誹謗詩土耳其領導人」之名起訴德國政治諷刺藝人波默曼 （Jan Böhmermann， 圖右），當年10月4日，德國檢察署撤銷該案，不過，這個案子在德土兩國的外交關係上刻下深深的傷痕，至今還未癒合。

2016年6月2日，德國聯邦議院全體通過了以上議案，該決議譴責土耳其前身、當年的鄂圖曼政權對亞美尼亞民族犯有種族屠殺罪。安卡拉政府迅即對此作出反應，不僅召回駐柏林大使，土耳其在德國社區在多個城市舉行了抗議活動。此前，土耳其政府對使用「種族屠殺」這一字眼描述當年的事件多次提出批評。安卡拉還認為，當年被屠殺的人數被認為誇大，受害者當中也包括土耳其穆斯林人。

2016年7月15日，土耳其發生矛頭直指艾爾多安政權的未遂軍事政變。安卡拉指責柏林對該事件的態度不夠明朗，對打擊海外「葛蘭運動」勢力不予配合。艾爾多安認為，葛蘭運動是該次政變的幕後推手。

未遂政變發生後，土耳其政府開始對軍隊和司法機關進行大清洗，逮捕數千人。後來，清洗擴大到整個公營部門，包括大學的工作人員和講師教授。德國政界批評這一肆意逮捕的鎮壓行為。土耳其外交官、學者以及軍人紛紛逃往國外，很多人在德國申請政治避難。

居住在德國的庫爾德人在科隆市舉行多次聲勢浩大的抗議安卡拉鎮壓的示威活動。他們呼籲釋放關押數十年之後的庫爾德工人黨領袖奧賈蘭（Abdullah Ocalan），但「庫爾德工人黨」在土耳其政府眼裡是「恐怖組織」，該組織在德國也是被禁止的。安卡拉認為，柏林沒有盡最大努力阻止庫爾德工人黨的活動。

2017年2月14日，《世界報》記者於切爾（Deniz Yücel）在土耳其被逮捕。在那裡被抓的其他德國籍人士還包括記者土露（Mesale Tolu）以及人權活動家施托伊特納（Peter Steudtner）。柏林方面認為i，這一系列逮捕均出於「政治動機」。安卡拉則指責他們支持恐怖組織。目前三人均已回到德國，但他們的案子仍在等候審理。

2017年3月，德國一些基層地區阻止土耳其部長為即將到來的修憲作宣傳拉票活動。修憲旨在讓艾爾多安總統獲得更大的權力。土耳其總統於是指責德國使用「納粹伎倆」對待在德土耳其人以及到訪的土耳其議員。德國立即回應土耳其，認為「納粹」說法不僅過分，而且越界。

2017年3月30日，德國譴責土耳其情報人員監視數百名生活在德國的葛蘭運動的支持者，以及200多個同該運動有牽連的機構和學校。有土耳其避難申請者指責說，德國移民局內有官員將訊息透露給土耳其親政府的報紙。

2017年8月18日，艾爾多安總統稱德國的3大主要政黨是「土耳其的敵人」，呼籲在德土耳其裔公民在當年9月議會大選時不要投它們的票。這3大黨是基民盟、社民黨和綠黨。梅克爾則稱，艾爾多安「操縱」德國大選。

2017年9月4日，德國總理梅克爾在一次競選辯論時說，她不認為土耳其應成為歐盟一員，並且將同歐盟其他領導人探討如何終止安卡拉入盟進程。當年10月，她對一個削減土耳其前期入盟基金的動議投了贊同票。

2018年1月20日，土耳其軍方聯合敘利亞反對派向阿福林市庫爾德人控制區實施了「橄欖枝行動」。德國政界批評該軍事行動，在德庫爾德人為此發動多次抗議示威。

2018年2月16日，在被無審判監禁了一年多之後，擁有德土雙重國籍的德國記者於切爾獲得釋放。根據土耳其國家媒體，於切爾「取保候審」，檢方因「宣傳恐怖罪」和煽動罪要求判處於切爾18年有期徒刑。