2000年的憲法保護報告稱，德國的激進外國人組織共有58800名成員和支持者，其中一大半即31450人是各種伊斯蘭激進組織的成員。這份報告裡列出了以下這些伊斯蘭組織：

米裡革魯斯伊斯蘭共同會（IGMG）。這個組織擁有27000名會員，另有數以萬計的支持者，是其中最大的組織。它建立於1985年。這個共同會的一名官員是這樣描述該會的宗旨的：「光有我們自身的解放是不夠的。我們為全人類的解放而奮斗，我們是一個不怕任何忘我行為的社會的代表....根據可蘭經的精神為人類帶來解放、美好生活和幸福是能夠做到的。」

「哈裡發國家」（Kalifatstaat)於1984年建立。總部設在科隆，擁有約1100名會員。其首腦是911事件後被捕的卡普蘭，他自稱為「信徒們的酋長和穆斯林的哈裡發」，這個組織的宗旨是在唯一的一個哈裡發的領導下讓伊斯蘭統治全世界。「哈裡發國家」認為民主和多黨制與伊斯蘭是格格不入的。德國情報機構憲法保護局還找到了這個組織的仇猶主義觀念的明確表示：「穆斯林絕不能讓異教徒給他們劃定錯誤的界限......噢，穆斯林們！阻止這種發展趨勢！......終結一小撮發臭的、膽怯的猶太人的統治吧！」

這個組織不是說說而已，而是也付諸行動的。為了把土耳其改造成真正的穆斯林國家，卡普蘭於1998年10月底派了一批人去那裡，打算以體育飛機撞土耳其建國者凱末爾的陵墓，同時襲擊一個清真寺。襲擊未遂，土耳其逮捕了25人。

2000年11月15日，杜塞道夫高級法院判處卡普蘭四年徒刑，罪名是在卡普蘭的號召下謀殺了一個反對者。現在，聯邦內政部宣佈了對這個組織、它的基金會「伊斯蘭僕人」和該組織的19個分支機構的禁令。

「阿拉伯穆札希丁」（意為安拉事業的鬥士）。這個組織是跨國、跨洲的。它的成員主要是那些曾作為「聖鬥士」在阿富汗、波士尼亞、克什米爾或車臣參加過戰爭的阿拉伯籍伊斯蘭教徒。這個組織的宗旨是面對異教徒，保衛伊斯蘭世界。他們堅決拒絕西方，拒絕西方的價值觀。這裡面特別有攻擊性的是一個叫「塔克菲爾.瓦爾.希止拉」的小組，這個小組與本拉登的基地組織有聯繫。

「伊斯蘭反抗運動」（即哈馬斯）主要在以色列和巴勒斯坦自治地區行動。在德國，哈馬斯的成員歸屬於一個叫「巴勒斯坦伊斯蘭聯盟」的組織，他們在全德國範圍內參加所有反對以色列在巴勒斯坦地區行為的活動。

「真主黨」(Hisbollah)是黎巴嫩的一個組織。在德國的這個組織的支持者們受伊朗影響很深。他們在德國的活動主要是在清真寺裡集會和上街遊行。

伊朗的反政府組織「人民穆札迪丁」在德國的機構是「民族反抗委員會」，這個機構在全世界範圍內開展活動。他們試圖阻止德國和伊朗的政治、文化對話。去年，他們試圖阻止伊朗總統哈塔米訪問德國。