1984年，馬雲在復讀了兩次後考入杭州師范大學外語系。大學畢業後，他在杭州電子工業學院教英語和國際貿易。1992年，他和朋友成立了海博翻譯社，算是初涉商海。賠了幾年錢後，該翻譯社1995年開始賺錢。也是這一年，馬雲從學校離職開始正式創業，5月上線了「中國黃頁」——這時的中國還上不了網際網路。成功經營了兩年多後他賣了自己在其中的股份，開始了新一輪創業。1999年，他創辦阿里巴巴網站，開拓電子商務。2003年，成立淘寶網。2004年，成立第三方網上支付平台支付寶。2007年，阿里巴巴網路有限公司在香港聯交所主板掛牌上市（圖）。

這個故事廣為傳頌：1999年，當時瑞典AB投資公司副總裁、耶魯大學法學博士出身的蔡崇信認識了馬雲。他原本是代表AB公司去看要不要投資馬雲，結果到了杭州發現只有一個運行了幾個月的網站、小區單元房裡擠了一屋子的年輕人。然而在和馬雲談了4天後，蔡崇信決定辭掉高額年薪和馬雲創業。他此後幫阿里巴巴爭取到2500萬美元的融資，讓這個公司發展壯大。如今，蔡崇信是阿里巴巴集團的董事會副主席，身家數十億美元。

2014年9月19日，阿里巴巴（代碼為"BABA"）在美國紐交所上市，並取得開門紅，首日漲幅38.1%。上市當日，阿里巴巴市值達到2314.39億，成為僅次於谷歌的世界第二大網路公司。馬雲當時在美國的NBC電視台上信誓旦旦，"我不會讓股東們失望，我會確保他們能夠賺錢"。

這是一個有中國特色的商業童話。人民網2015年8月的一篇文章標題就是「馬雲和阿里巴巴的故事：中國夢的追夢人」，其中講到了阿里巴巴夢——一個「中國夢」。

在2015年秋天的習近平西雅圖之行中，包括馬雲在內的15位中國企業家隨行。而這並非馬雲第一次陪同出訪。一些網路評論甚至稱，馬雲的政治頭腦比商業頭腦更發達。

2013年7月，馬雲在接受《南華早報》採訪提到阿里巴巴遭遇的「欺詐門」、「支付寶拆分」等危機時，以六四作為比喻，稱「好像鄧小平在『六四』當中，他作為國家最高的決策者，他要穩定，他必須要做這些殘酷的決定。這不是一個完美的決定，但這是一個最正確的決定，在當時是最正確的決定」。在該採訪中，馬雲還誇贊中國網路管制很有水準。這引發了巨大爭論，一些民運人士發起聯署，要求馬雲道歉。

2015年11月，阿里巴巴集團正式宣佈與香港南華早報集團達成協議，收購《南華早報》及其集團旗下其他媒體資產。這引發了外界對該報是否會喪失獨立性的擔憂。有輿論甚至稱，這個香港銷量最高的英文報刊被「染紅」。此後又傳出阿里巴巴收購《明報》的消息，不過阿裡方面否認了相關傳聞。

在馬雲的演講中，他常常提到，阿里巴巴的電子商務平台給很多中國人提供了創業致富的機會。事實也是如此，對於那些成功的淘寶賣家而言，馬雲改變了他們的人生。對於馬雲而言，阿里巴巴想做的是影響者。在紐交所上市當天馬雲對NBC說，「我們想成為像微軟、IBM、沃爾瑪一樣的企業。這些企業改變、重塑了世界。」 圖為他和臉書創辦人祖克柏在「中國發展高層論壇2016年會」上。

在2015年3月的漢諾威電子科技展（CeBIT）上，馬雲為到場的德國總理梅克爾展示了支付寶的新技術——「刷臉支付」。要知道，工業大國德國在電子支付方面卻像是「第三世界國家」。此外，馬雲還送給梅克爾來自淘寶店鋪的一張紀念版德國日歷頁（圖）作為禮物，而日期就是這位女總理的出生年月。

2017年1月初，馬雲在紐約會見了當時侯任美國總統川普。兩人討論的重點是幫助美國小企業從中國消費市場獲益，為美國創造100萬個就業崗位。會面後，川普向媒體表示，他們的「會面很棒」，「Jack（馬雲英文名）將會和我一起做一些大事」。

2018年5月的富比世十大最具影響力CEO排名榜上，馬雲位居第六。然而事實上，馬雲2013年就已經從阿里巴巴集團CEO的職務上退了下來。《紐約時報》近日報導，馬雲對該報表示，計劃9月10日他生日當天辭去集團董事局主席的職務，轉而做教育慈善。這位中國「創業教父」說：這不是一個時代的結束，而是一個時代的開始。

2017年11月，馬雲與王菲合唱了一首《風清揚》，在中國網路一時間刷屏，更被網友調侃是「被賺錢耽誤了的歌手」，馬雲自己則在微博上調侃與王菲合作是「鄉土音配天籟」。或許，未來馬雲除了發展教育慈善，也打算開拓一下自己的歌唱事業？