中印邊界總長近2000公里，另外還有12萬平方公里的區域存在領土糾紛。有領土糾紛的邊界涉及西段（600公里）、中段（450公里）和東段（650公里）3個部分。2020年5月，中印在錫金北部發生衝突（中段）；6月16日，中印在拉達克的巴勒萬河谷（西段）發生士兵肢體衝突，造成數十人傷亡，至少印方稱有20名士兵死亡。

馬克馬洪線(McMahon Line，東段線)是一條英國探險家測量印度時畫下的一條英屬印度同西藏之間的邊界。1914年，英國外交官麥克馬洪召集中、印、藏三方會議，由於中華民國不同意分割西藏的麥克馬洪線、藏方未能得到事先秘議的獨立轉而也放棄承認麥克馬紅線，結果中藏均沒有簽署《西姆拉條約》。印度和緬甸則認為麥克馬洪線是歷史疆界。時至今日，中華人民共和國雖然拒絕承認麥克馬洪線，但把它看作是實際控制線。1962年中印之戰中，中國軍隊雖然一度佔領了該地重鎮達旺，但後來撤回到實際控制線以北。

藏南在印度被稱為「阿魯納恰爾邦」（Arunachal Pradesh，東段線），面積約為6萬平方公里，位於喜馬拉雅山脈的南側。它的西面是不丹，東面是緬甸，向南是印度，北邊是中國的西藏。中國稱該地為藏南，屬於西藏自治區行政區劃。不過，按照「麥克馬洪線」的劃分，該地屬於印度，印度也實際控制該地，只是藏方以及中華民國當年均拒絕在條約上簽字。中華人民共和國成立後延續這一路線。1948年，剛剛獨立的印度開始派兵進入這個地區，1960年，印度完全佔領了麥線以南部分，中國控制麥線以北。1972年，印度在該地成立阿魯納恰爾中央直轄區，1987年，該區改為「阿魯納恰爾邦」。

英國於1887年強佔錫金國，次年出兵西藏。1950年，獨立之後的印度稱為錫金的保護國，1975年正式將其納為「錫金邦」。2003年，印度總理瓦傑帕伊訪問中國後，北京承認新德里對錫金的主權，同時印度亦承認中國對西藏主權。2005年之後中國出版的地圖上已不再將錫金標注成主權國家。

1960年4月，中印兩國政府為尋求解決領土爭端，由中國總理周恩來與印度總理尼赫魯在新德里會談，但未取得共識。1962年中印邊境戰爭爆發。中國軍隊當年10月20日從邊境的東西兩處同時發起進攻時，兵力是印度軍隊的5至10倍。中國軍隊當時一直深入到印度今天的阿魯納恰爾邦省和喜馬拉雅地區。整個戰爭延續了一個月，總共造成2000人喪生。1962年11月20日，中國單方宣佈停火，並撤至麥克馬洪線後20公里處。戰爭之後中印關係因邊界衝突走入低谷。

1988年12月19日至23日，印度總理拉吉夫‧甘地對中國進行正式訪問並與鄧小平會晤。這是34年來印度總理首次訪問中國。這次訪問被看作是中印關係經過多年的緊張期之後開始轉暖的標誌。1993年，印度總理拉奧（ Narasimha Rao）訪華期間，雙方簽署了《關於在中印邊境實際控制線地區保持和平與安寧的協定》。這次訪問標誌著中印關係開啟了一個新的時代。自上世紀九十年代以來，中印雙方共簽署了5個有關和平解決邊境衝突的協定。

自2003年中印建立邊界問題特別代表會晤機制以來，雙方已舉行22輪特代會晤。印方的特別代表是國家安全顧問，中方最高代表則多為外交部長。中國國家主席習近平同印度總理莫迪之間的互動相當頻繁。

佔地約100平方公里的洞朗（Doklam）是中國和不丹之間存有爭議的地區，印度也從未對該地宣示過主權。2017年6月，印度以「接到不丹政府的求助」、「支持不丹主權」為由，派兵越過中印邊界，阻止中國在那裡修築公路，形成同中國軍隊長達71天的對峙。不丹是中國14個鄰國中唯一一個沒有與中國建交的國家，其國家的外交權和防務權掌握在印度手中。2014年莫迪以總理身份第一個訪問的國家便是不丹。

5月5日，在位於拉達克地區的海拔四千多米的班公錯湖（Pangong Tso lake，西段），中國和印度軍方人員相互投擲石塊、木棒、鐵棍等，雙方都有人員受傷。5月9日，印度錫金邦那圖拉山口（中段），中印軍人相互投石併發生肢體衝突，有數十人受傷。 6月16日，在加勒萬河谷（Galwan valley，西段）的中印士兵衝突中，有3名印度士兵在與解放軍的衝突中死亡。當天稍晚時，印度軍方宣佈印度士兵的死亡人數提升至20人。

莫迪領導的新德里政府8月5日向國會提出動議，要求廢除查謨和克什米爾邦的自治特權。在此之前，這兩個地區的政治人物就已經遭到軟禁，網路和電話通訊都被切斷。這被看作是近70年來，印度政府在改變地區特殊地位的問題上改採取的最為激烈的手段。伊斯蘭堡隨後宣佈，將驅逐印度大使，並中止與印度的貿易。

在印巴圍繞克什米爾的爭端顯著升級後，兩國外長在一周內先後訪華。巴基斯坦外長庫雷先期趕到北京，希望在克什米爾問題上得到中方的支持。印度外長蘇傑生也於8月11日開始訪華，他在中南海得到中國國家副主席王岐山的接見。

2月27日，巴基斯坦軍方稱，在有爭議的克什米爾地區擊落兩架印度戰鬥機。巴軍方一名發言人稱，這兩架印度戰機師在進入巴基斯坦領空後被擊落的。這是這兩個核國家首次相互發動空襲。

巴基斯坦軍方發布了這張照片，上面顯示此前一天印度戰機對巴境內目標發動空襲，這是兩國1971年戰爭以來的首次。印度則稱，該空襲是對新近印度駐查謨和克什米爾軍隊遭自殺式襲擊的回應。巴方稱，印度戰機對巴境內的空襲並未造成傷亡。

2月14日，至少41名印度准軍事力量成員在印控克什米爾首府附近的一次自殺式炸彈襲擊中喪生。位於巴基斯坦境內的伊斯蘭極端組織「穆哈默德軍」宣稱對此負責。這是自1989年克什米爾地區發生叛亂以來，對印度安全力量最嚴重的襲擊。雙方緊張關係加劇，並引發對這兩個國家可能發生武裝衝突的擔憂。

自1989年以來，穆斯林叛亂分子在印控克什米爾地區與印度安全力量作戰。該地區有1200萬人口，其中七成是穆斯林。自1947年度立以來，印巴之間的三次戰爭中有兩次是圍繞克什米爾。雙方均宣稱對整個克什米爾擁有主權，但都實際控制部分地區。

2016年10月，印度安全力量對克什米爾武裝反叛力量發動攻勢，包圍蘇平（Shopian）地區至少20個村莊。新德里指責伊斯蘭堡支持越過印巴「控制線」襲擊印度准軍事力量的武裝分子。

2016年7月，一名年輕的分離主義領袖布爾汗‧瓦尼（Burhan Wani）遇害後，印控克什米爾地區的安全局勢惡化。從那之後，反對印度控制的抗議以及分離主義者與安全力量之間的衝突已導致數百人喪生。

2016年9月，伊斯蘭武裝分子在印控克什米爾殺死至少17名印度士兵，另有30名印度士兵受傷。印度軍方稱，反叛力量從巴基斯坦滲透入印控克什米爾，初步調查顯示武裝分子屬於巴境內的「穆罕默德軍」，後者已在克什米爾活躍了十年有餘。

顯示印度安全力量侵犯人權的影片流傳開後，印度當局禁止了克什米爾的多個社群網站網站。其中一則影片顯示一名克什米爾抗議者被印度一輛軍車當作人肉盾牌，影片在社群網站上引發憤怒浪潮。

支持克什米爾獨立者希望巴基斯坦和印度能讓克什米爾人自己決定未來。查謨與克什米爾自由陣線主席吉拉尼（Toqeer Gilani）向德國之聲表示：「是時候讓印巴宣佈撤軍時間表並舉行國際監督下的公投了。」

但大多數克什米爾問題觀察家認為，這在近期內不會發生。他們表示，儘管印度嚴格執行以克什米爾的武裝分子和分離分子為目標的戰略，並部分取得成效，但新德里遲早需要對這場危機找到政治解決途徑。他們說，克什米爾想要分離，沒有機會。