但是，就在日本通過設在台北的所謂「交流協會「給李登輝發放15天觀光簽證後，中國駐日本大使王毅立即在東京發表講話，要求日本改變這一方針。他說，李登輝是台獨勢力的總代表，儘管他已經不擔任公共職務，但仍然是台獨先鋒。中方希望日本改變態度。一個搗亂者可能變成好戰者。

日本首相小泉純一郎重申他沒有理由阻止８１歲的李登輝以個人身份來日旅遊，況且李登輝還在日本留過學。但是，在20日舉行的記者招待會上，日本內閣官房長官細田博之向記者表示，希望他們不要把李登輝的這趟旅遊當作一件大事，不要到機場或飯店。在憲法明確規定保證新聞自由的日本，官方提出這樣的建議實屬罕見。

據日本媒體報導，李登輝去年夏天就提出想訪問日本，但東京方面為避免影響小泉首相和中國國家主席胡錦濤11月在亞太經合組織智利峰會上的會晤沒有對李登輝的要求做出積極的反應。

2001年4月，李登輝曾赴日就醫，當時，北京方面也向東京表示強烈抗議。

本周一，大約45名抗議者在日本駐華使館外高呼口號，抗議日本計劃向李登輝發放簽證，並以此粗暴干涉中國的內部事務。最近一段時間來，中日關係可謂雪上加霜。中國潛艇進入日本水域風波以及日本在防衛大綱中將中國視為潛在威脅都使兩國關係受到影響。日本首相小泉純一郎堅持要參拜靖國神社的表態也引起中國官方和民眾的強烈抗議。

李登輝在擔任台灣總統的12年中，竭力提高台灣的外交地位，並於1999年拋出兩國論。在北京眼裡，李登輝是台獨勢力的總代表，是兩岸關係及地區穩定的破壞者。中國無法接受日本政府一方面聲稱堅持一個中國立場，一方面又為分裂中國的急先鋒開綠燈。