對於目前人們對金融危機的關注，韋斯利‧克拉克不以為然。這位曾擔任北約最高司令的退役四星上將，歐巴馬的軍事顧問認為，金融危機當然也是新總統上任之後要立即解決的問題，然而卻不是首要任務：「美國面臨的最大威脅，過去是、現在是、將來也是國際恐怖主義，基地組織及其仍然在逃的頭目本拉登。」

歐巴馬和克拉克顯然是英雄所見略同，而且歐巴馬很有可能已經把克拉克列為自己國防部長的候選人了。據《華盛頓郵報》援引歐巴馬身邊的知情人士報導，這位至今一直對美國的反恐策略提出批評的未來總統已經開始全力以赴地制定新的反恐戰略了。根據該報導，歐巴馬將加強力量追捕本拉登，美國在過去的搜捕行動中，總是功虧一簣。

本拉登是歐巴馬新戰略中的頭號目標。這並不是出於本拉登對基地組織的直接影響，而更多的是為了逮捕或是殺死本拉登所能取得的象徵性意義。歐巴馬認為在阿富汗實現穩定比建立民主制度更為重要。至於阿富汗的鄰國、美國的盟友巴基斯坦的感受，就沒有辦法顧及那麼多了。歐巴馬一直在警告阿富汗和巴基斯坦邊境局勢惡化的危險：「2001年9月11日殺害了3000名美國人的凶手，就藏在兩國交界的山區裡，而且他們還在策劃新的恐怖襲擊！」

儘管在阿富汗政府和塔利班之間的談判方面，歐巴馬表現得還比較開明。但是在競選過程中，他毫不排除"另一種選擇": 「對於直接威脅到美國的恐怖分子，我會毫不猶豫地使用武力消滅他們。我會讓我們的軍隊在面對恐怖分子時更有戰鬥力和殺傷力。」

歐巴馬將在16個月內撤出幾乎全部駐伊拉克美軍，並將其中的大部分派到他所說的"反恐戰爭的真正站場"--阿富汗去。然而，沒有盟友的支持是行不通的。儘管歐洲方面，包括德國在派兵方面都表現得比較謹慎，但歐巴馬還是提出具體的要求，就如同他今年2月競選的時候所說的那樣：「我們需要北約盟友提供更多的支持，其中的一些必須要提高駐兵限額。髒活兒總是由美國和英國來干，而其他國家不願意和塔利班戰鬥，這是不行的。」