由美國發起的反恐聯盟提供的支持明顯加劇了肯亞等國國內穆斯林和非穆斯林之間的緊張氣氛。這一在奈及利亞对国家生存構成威脅的事態發展，由於不受歡迎的反對派和非政府組織被指責為恐怖組織而愈演愈烈，將其稱為恐怖組織的目的是以便對其採取斷然行動。在反恐的名義下人身自由以及民權都會受到限制。

肯亞是顯著加強與美國關係的東非國家之一。如果說9.11事件前雙邊關係由於丹尼爾.阿拉普.莫伊總統領導的政府及其人權政策大受批評而蒙上一層陰影，那麼美國遭受恐怖襲擊後情況則發生了變化。美國總統布希在10月5日給莫伊總統的電話中強調了雙方在資金、外交、情報以及軍事領域合作的必要性。美方首先瞄準的是肯亞邻國索馬利亞的恐怖嫌疑人。與衣索比亞关系升温以及接近蘇丹的目的都是阻止索馬利亞國內的恐怖威脅。布希政府同時希望通過賦予莫伊總統以解決蘇丹衝突的領導角色來加強莫伊在該地區的政治影響力。

美國新的戰略路線帶來的後果除了加強雙方情報交流、准許美軍飛越肯亞领空、聯合舉行軍事演習以及提供軍事援助外，還重新賦予東非印度洋沿岸最大港口城市蒙巴薩以重要角色。1991年的海灣戰爭期間美軍艦艇和飛機就將蒙巴薩作為中繼站。1992年美軍也是從這裡出發向索馬利亞挺進的。

莫伊總統的親美政策以及把打擊恐怖主義和利用宗教信仰作為政治工具二者混為一談，導致部分穆斯林成為激進派。擁有百萬人口的城市蒙巴薩中穆斯林佔了大多數，他們與在肯亞其它地區佔少數的穆斯林一樣感到受到了歧視。

雖然目前在蒙巴薩只有少數不同的穆斯林流派指責莫伊總統是穆斯林的敵人，但卻不可忽視他們動員民眾的力量，同樣不可忽視的是期待更多民主和生活條件改善的民眾的力量。此外，在肯亞，反恐鬥爭也同時意味著反對貧困和建立穩定的社會結構。在這一點上，肯亞国內暗藏著衝突的危機。這也將成為12月27日舉行的總統選舉勝利者面臨的最大社會政治挑戰。

1998年8月7日，肯亞曾經經歷過一次基地組織的恐怖襲擊。在對位於首都奈洛比的美國使館發動的襲擊事件中，226人死亡，數百人受傷。而現在針對以色列遊客進行的襲擊也造成傷亡慘重。襲擊事件表明，處於內外敵人夾攻和內外利益夾縫中間的非洲國家特別容易成為恐怖事件的犧牲品。