在過去的很長一段時間裡，日本對簽訂雙邊性的自由貿易協定並不熱衷。日本前通產副大臣、日本貿易振興會的主席島山登說，因為忽略了自由貿易協定的意義，日本開始感到「在歐盟和北美自由貿易協定區(Nafta)之外倍感孤立。現在世貿組織的成員國越來越多，建立雙邊自由貿易協定變得越來越困難和曠日持久。」

在自由貿易協定問題上，日本感受到的最大壓力是來自中國。中國與東協於2002年啟動自由貿易協定談判，協定於今年夏天起正式生效。島山登指出：「中國和東協實際上更多的是競爭對手，自由貿易協定不會為雙方帶來太多實惠，但是此舉的重要意義在於中國贏得了政治上的朋友。」

中國在東協的動作給日本的外交部敲響了警鐘。世界著名的咨詢公司高盛在日本的地區經理科蒂斯說，日本開始擔心「中國在亞洲進一步擴大其政治影響。」出於對自己在東南亞地位的擔心，日本今年以來加緊了與若干東協國家談判自由貿易協定的步伐，四月以來又啟動了與整個東協以及與泰國、韓國和印尼的談判。到五月底，日本政府已經與相繼與墨西哥和東協的新加坡、菲律賓和馬來西亞三國分別達成了雙邊自由貿易協定。

隨著日本經濟結構調整，日本對外貿易近年來有從北美和歐盟逐步向東亞地區轉移的趨勢。日本經產省認為，日本與東協集團建立自由貿易夥伴關係後，會為日本帶來巨大的貿易增長機會和就業機會。日本的出口工業指望在五年內將與自由貿易夥伴的貿易額比重從現在的5％提高到25％，長遠的目標是提高到50％。

東京大學經濟學教授伊藤元重認為，日本不但期待自由貿易協定給日本帶來經濟好處和原材料來源，還希望它會產生一些積極的副作用，如促進日本國內市場的結構改革，使得保守的農業和建築業變得更加開放和具有國際競爭能力。不過，日本政府的這些努力在國內遭到那些受到保護的行業的竭力抵制，例如，日本的鋼鐵業、製革業和農業對日本與韓國的自由貿易協定談判進行了百般阻撓。

中日兩國自邦交正常化以來的30年中，貿易額增長了100多倍，2004年中國取代美國，成為日本的第一大貿易夥伴。但是，中國與日本在建立雙邊自由貿易協定上始終難有進展。如果說1999年之前是日本態度比較積極而中國比較消極，那麼1999年之後則是中方比較積極，如提出中日韓經濟整合構想，而日本則反應冷淡。

也是在2004年，日本讓出了第一大對華貿易夥伴的位置，退居到美國和歐盟之後。可以想像，一旦中日建立雙邊的自由貿易協定關係，歐盟在這兩個國家市場上必然受到一定的歧視。因此，小泉惹惱了吳儀，卻讓歐盟暫時鬆了一口氣。

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