"如果學者沒有新的內容可說，他就應該保持沉默"--這句話是亨廷頓的名言，他本人就遵循這句話的原則。每當這位哈佛大學教授有話要說，那麼他肯定有新的內容或者至少可以提供新的啟發，就像上世紀九十年代中期他發表自己的調查報告"文明衝突論"時一樣。

1996年，他將這部調查報告編輯出書，仍用"文明衝突論"為書名。他提出的問題是：冷戰結束後，世界上的衝突將是什麼模式？儘管這位科學家的話語聽起來很清醒，但他也許意識到，他的論點將引起激烈的反應。他認為，經歷過民族國家之間的戰爭以及資本主義與共產主義之間的衝突之後，不同文化和宗教之間將發生暴力相撞。他說："冷戰之後，不同的文化流派、也就是不同的文明之間將出現衝突的戰線。"

亨廷頓按照幾大宗教把世界劃分為八大文化圈。1996年以來，他的這本書在大多數文化圈內都可以閱讀，因為這本書被翻譯成39種語言，吸引了形形色色的獨特讀者。2001年9月11日恐怖襲擊發生後，本‧拉登就曾引用亨廷頓的論點，把這次襲擊稱為"文明衝突"的第一個高潮。

亨廷頓一生81年中，有58年在培養精英的哈佛大學講授國際政治，但學術界對他的論點頗有爭議。研究和平的人員指責說，他的文明衝突的說法會被伊斯蘭世界利用，作為發動戰爭的藉口。四年前，亨廷頓的最後一本書出版，名為《我們是誰？》。這本書同樣遭到許多批評，因為亨廷頓在書中要求美國的南美移民必須強行適應當地的環境。

亨廷頓一生中共著有17本書，發表了90多篇科學論文。去年，他80歲時退居家中。他多年的朋友、哈佛大學經濟學教授羅索夫斯基把亨廷頓稱為過去五十年中最有影響的政治科學家之一。他說："全世界各地的人們都在學習和討論亨廷頓的思想"。至少是亨廷頓提出的新思想。