「基地」這個名字首先出現在1998年，但該組織在此前10年便成立了，由埃及伊斯蘭極端分子扎瓦西裡和沙烏地億萬富翁之子本拉登的追隨者組成。這兩人早就很投緣，一個代表意識形態上的狂熱主義，另一個則擁有滾滾不斷的財源，二人可謂相得益彰。

扎瓦西裡和本拉登原本作為「伊斯蘭志願軍國際旅」的成員，前往阿富汗參加那裡支援反對蘇聯佔領軍的鬥爭。他們當時受到了美国、沙烏地阿拉伯、阿聯酋，尤其是巴基斯坦情報機構的支持。蘇軍撤離後，他們同美國的關係才開始降溫，來自沙烏地的援助也逐漸減少，巴基斯坦則一直是他們最重要的支持者，原因之一便是，由伊斯蘭堡支持的塔利班在90年代中接管政權後，慷慨地向基地組織授予了客居權。

阿富汗戰爭結束後，不少來自阿拉伯國家的阿富汗鬥士返回各自的家鄉，繼續所謂反對本國腐敗政權的恐怖行動。尤其是沙烏地和美國進入了基地組織的視線。本拉登譴責沙烏地王室腐敗無能、不相信伊斯蘭和真主，特別是沙烏地還向美軍敞開大門，讓他們在「聖地」駐扎軍隊，以幫助科威特擺脫伊拉克的佔領。

不久之後，沙烏地和美國便開始接連不斷地發生恐怖襲擊：世貿中心、駐沙烏地美军，以及駐奈洛比和達累斯薩拉姆的美國使館。後來，沙烏地境內的目標也遭到了恐怖襲擊，但規模較小。

他們稱這些恐怖行動為反對現代「十字軍」的鬥爭，而所謂「現代十字軍」指的便是美國和以色列，由此他們很容易在伊斯蘭世界徵募到新兵。在駐東非的美國使館遭到襲擊後，「基地」這個名字首次出現。當時，美國總統克林頓下令以戰斧式巡航導彈摧毀本拉登組織在阿富汗的總部。這次進攻造成的損失嚴重，但幾乎沒有人員傷亡。本拉登早就逃之夭夭了。而數年後，克林頓的繼任布希總統向阿富汗派兵前，本拉登同樣聞訊而逃。

本拉登得益於「基地」並不是一個有著嚴密結構的組織。專家們認為，「基地」原來的意思是一個存有前阿富汗鬥士和後來在那裡培訓的伊斯兰志願軍名單的資料庫，這些人隨時都可以被動員起來。他們幾乎全部都已返回家鄉，或者潛入第三國，例如9－11恐怖襲擊事件的案犯。其中一部分人過著極為平凡的生活，不為人注目，直到接到通知要參加行動。

「基地」的另一個特徵是，並不是每一次行動都是中央策劃和操控的。儘管那些設在阿拉伯國家，特別是伊拉克、東南亞還有歐洲的分散的團體聲稱與「基地」有關，但他們早就開始獨立地採取行動了。這不但沒有削弱「基地」的力量，反而使其運作得更加有效。本拉登和扎瓦西裡那些扭曲而具有煽動性的口號在伊斯蘭世界馬上找到了沃土，因為那裡的人們早就感到受到西方國家，尤其是美國和英國的管束和歧視。而美國對伊拉克和阿富汗發動的戰爭則似乎每天都在激化和增強這樣的情緒。

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