所有參加審判的人都把注意力集中在塞克－默哈邁德的身上。默哈邁德自豪地稱自己是9.11恐怖襲擊的"精神發動者"。當他被帶進關塔納摩特別軍事法庭時並沒有試圖反抗。同時受審的還有四名恐怖襲擊嫌疑犯，其中包括"漢堡密室"組織成員比納爾施布以及9.11劫機犯的同屋密友阿塔。美國將軍哈特曼告知："我們為這5個人請了18名律師。這就是說，關塔納摩特別軍事法庭完美地體現了美國的法律制度。"

但在審判開始時默哈邁德就表示不需要美國的辯護律師。這位本拉登的忠實信徒稱，出於宗教的原因他不能聘請美國律師為之辯護，因為布希政府正在對伊拉克和阿富汗的穆斯林發動宗教戰爭。軍事法庭法官克爾曼警告默哈邁德，他有可能被判處死刑，因此不要這麼快就拒絕法律的幫助。但默哈邁德並不為所動。他稱，他對所有死於9.11恐怖襲擊的2973人負完全責任。他願意做一名殉道者，死是他的願望。同案犯比納爾施布也聲稱，如果法院讓他成為殉道者他將對此表示歡迎。他說，"真主是偉大的"。比納爾施布也拒絕與他的美國律師合作。該律師抱怨太晚才收到比納爾施布的交待材料："根據政府的法令，比納爾施布的交待材料被列為特級機密。"

默哈邁德和比納爾施布長年以來一直被關在美國中央情報局的監獄裡接受審訊。美國律師及人權組織將中情局的審訊方式稱為刑訊。據稱，在審訊時監獄對他們採用了"水刑"。這是一種使人產生溺水感覺的刑罰。但許多美國人認為中情局採用的審訊方式沒有什麼可指摘之處。比如關塔納摩監獄前顧問阿達科特就持這種觀點："這有什麼可抱怨的呢？我們正在進行戰爭！"

而前關塔納摩監獄的首席檢察官戴維斯持完全不同的觀點。為了對關塔納摩監獄的審訊方式表示抗議，在本次審判開庭前他辭去了首席檢察官的職務。布希政府希望法庭能夠在11月4日美國總統大選之前得出審判結果，以示反恐的一個勝利。但沒有人能夠知道法庭是否能夠及時做出終審判決。因為美國最高法院還需首先對關塔納摩監獄囚犯的權利做出判決。但既使法院判決他們無罪，關塔納摩的囚犯也已經終生喪失了自由的權利。