最新一期香港《亞洲周刊》發表報導，披露《南方周末》由於揭露青少年基金會諉過投資，結果在中宣部緊急通知下改版，已經印刷完畢的數十萬份報紙全數作廢，背後更有人借團派胡錦濤的名義向傳媒施加壓力，阻止更多內情被揭露。 對於《南方周末》文章的被「槍斃」，《亞洲周刊》寫道：「 問題不僅 僅是「有一些差錯」，而是北京當局某些勢力已經把政治和經濟利益結合在一起，打「黨的宣傳紀律」旗號行包庇掩蓋醜聞惡行之實。據瞭解，廣東宣傳部門對各地媒體的控制已經比以前更加嚴格，經常向媒體下發各種「禁令」，媒體負責人如果接到宣傳部門連續三次警告，就撤職換人，主管刊物甚至要遭停刊整頓。」

《亞洲周刊》繼續寫道：「讓媒體負責人噤若寒蟬的是，「對方打出了下一代領導人胡錦濤的旗號」。廣東一位媒體高層表示：「你知道希望工程的主管機構青基會屬（共青）團中央，現任理事長是團中央第一書記周強，團中央又是屬胡錦濤系統，如果團中央受到牽連，胡錦濤的威信也會受到影響，你說誰敢動？」而這才是上述中宣部通知背後沒有公開的內容。但據亞洲周刊獲悉，胡錦濤辦公室事先並不知悉這一事件以及青基會負責人狐假虎威與中宣部的通知一事。」

同一期的《亞洲周刊》評論版針對這一事件發表文章，題目是《香港媒體是新聞自由窗口》。文章說：「這些天海峽兩岸新聞界波瀾不斷，台灣的《壹周刊》因報導國安局非法基金，遭檢調人員搜查，十六萬份刊物被沒收。廣州出版的《南方周末》也在出報前夜，因報導青基會違規挪用捐款，遭緊急撤換文章，數十萬份報紙被毀。......在兩岸政府針對傳媒的狂風暴雨中，香港卻能以彈丸之地，直指兩岸傳媒所不能指，直言兩岸傳媒所不敢言。《星島日報》在台灣《壹周刊》之後，深入挖掘李登輝利用台灣國安局秘密專案基金對美游說的新聞，《明報》更從二月二十八日起對青基會事件深入調查，公佈了大量資料。當兩岸傳媒自由受損之際，香港媒體擁有的新聞自由更引人注目。」

評論寫道：「究竟什麼是新聞自由，兩岸的政府沒有讀懂，更不想讀懂，但香港的媒體卻在這次事件中讀懂了。一九九七年之前，曾有很多人擔心，作為新聞自由典範的香港，在回歸之後即將失去它曾閃耀的自由徽章。但現在看來，香港媒體卻正好在兩岸三地發揮了一個突出的輿論監督作用。

評論最後說：「香港是中國的特別行政區，特區的意味恐怕不僅僅在經濟上的獨立、政治上的爭鳴，還在於這裡是一塊華人言論的公共空間。香港以自己的特殊地位和特殊環境，為中國的輿論監督保有一個良好的空間。」