台灣立法會選舉，國民黨獲得大勝。國民黨總統候選人馬英九贏下總統大選的呼聲也更加高漲。在台灣選舉中始終扮演重要角色的兩岸議題再次浮上檯面。馬英九在立委選戰過後參加一次論壇活動時，提出「不獨，不統，不武」的新三不兩岸政策，也就是在任內台灣不會與中國大陸統一，但也不會宣佈獨立，保持兩岸和平，避免軍事衝突，此外會與大陸協商爭取台灣的國際社會地位。

其實，馬英九已經不是第一次表達三不政策，去年年底訪問日本期間，他就曾經提出自己兩岸政策的基調就是不獨不統不武，日本方面不用為台海問題擔心。

儘管這次馬英九其實老調重彈，但依然引起了島內泛綠陣營的質疑。總統競選對手謝長廷陣營就批評馬英九刻意向中國表達善意，是為終極統一鋪路。部分媒體也指出，馬英九在台北市長任內曾經提出終極統一論，後來又表示台獨也是選項，現在又主張三不政策，立場搖擺不定。

但是，台灣高等政策研究會秘書長楊念祖認為，統獨問題需要由台灣人民共同做出選擇，在目前社會沒有共識的情況下，馬英九自然應該堅持不獨不統。他說：「所謂不統不獨不武，基本上就是支持美國所定義的維持台海現狀。因為馬英九競選主軸就是拼台灣經濟，維持台灣安全和安定，維持兩岸正常穩定關係。三不政策也正與此相符合。」

馬英九的新三不政策與現任總統陳水扁在第一次當選時提出的「四不一沒有政策」形成了對比。2000年5月20日，陳水扁發表就職演說時提出任內堅持四不一沒有，也就是不宣佈獨立，不更改國號，不推動兩國論入憲，不推動改變現狀的公投，以及沒有廢除國家統一綱領和國統會的問題。

楊念祖分析了馬英九的三不政策和陳水扁的「四不一沒有」之間的區別，他認為陳水扁的四不一沒有都是負面式的表述，只是保證不做負面的事情，而且這些承諾也並沒有完全得到遵守。他指出：「經過八年以來，陳水扁一切的政治作為在北京看來是撼動了四不一沒有的原則，尤其是不廢除國統會，最後他還是國統會廢掉了。」

馬英九曾經提出過，大陸如果希望統一台灣的話，前提條件是實現民主化，並特別提到平反六四事件。這對於目前的北京政府顯然是不可能接受的，那麼馬英九的這種表態是否會被北京方面解讀為以民主改革為由，拒絕統一呢？楊念祖分析說：「我覺得馬英九提的這個主張不是針對現在的北京政府，而是提醒北京政府台灣是民主政府。馬英九只是基於台灣的政治現狀，希望如果雙方要結合的話，大陸要民主化。而至於什麼時候進行民主化改革，是由北京政府來決定的。」