尤其在911事件剛剛發生之後的那段日子裡，穆斯林在德國的境遇十分不利。德國穆斯林中央委員會主席葉利斯說：「在剛剛發生了911事件之後的那段日子裡，氣氛緊張極了。穆斯林收到了各種各樣的威脅，包括謀殺、在大街上的公開謾罵等；兒童和戴著頭巾的婦女的境況就更不用說了。當然，穆斯林機構也受到了直接的威脅。某些清真寺遭到不同程度的破壞。但是後來，德國出現了一種試圖理解認識穆斯林的局面，給我們帶來了希望。人們突然對伊斯蘭教、對穆斯林產生了濃厚的興趣。我們那時就強調說，希望這樣的熱情不至於很快消失，我們也應該認真思考，如何應對當前的局勢。」

伴隨這一現象而來的是一系列不同文化間交流項目的誕生。教會、地方和大學紛紛舉辦各種與穆斯林進行交流的對話論壇、討論等活動。穆斯林當然歡迎這樣的活動，並且予以大力支持。新近出現的對伊斯蘭教的濃厚興趣其實極少涉及穆斯林的日常生活，最令人們感興趣的是以真主名義從事的的恐怖主義活動。

一位來自科隆的教育系學生對此發表了個人的看法：她說：「我認為，媒體的報導起到了某種誤導作用。我們穆斯林已經在這兒生活了40年，也許還要更長一些，媒體的報導其實與真正的伊斯蘭教無關，他們只報導了恐怖、襲擊，並沒有向人們介紹什麼是真正的伊斯蘭教。」

鑑於恐怖襲擊，德國也極大地嚴格了相關的安全法律。葉利斯強調指出，德國穆斯林中央委員會對上述措施予以支持，包括對來自阿拉伯國家的學生宿舍進行檢查等。

不過，葉利斯也對相關安全法律的具體落實和安全人員的某些做法提出了批評：「一段時間曾出現了一連串不該發生的事情。人們穿著靴子，在周五祈禱時對清真寺進行檢查，有時甚至是午夜時分。這都對普通穆斯林的正常生活造成影響。他們於是問自己，我們為什麼要忍受這一切，只因為我們是穆斯林嗎？只因為我們擁護這個國家，擁護這個國家的基本法嗎？穆斯林與德國居民間的相互信任的確受到了影響。」

在德國，許多人對穆斯林的印象與暴力，婦女受壓迫、伊斯蘭教狂熱信徒對其他宗教和西方價值觀的不寬容等是聯在一起的。波昂土耳其－伊斯蘭文化協會攻關負責人阿克薩爾認為，基於錯誤認識產生的恐懼心理，會導致怨恨以及對伊斯蘭教和穆斯林的全面否定。

阿克薩爾說：「也許我還不能說，這是怨恨或偏見－但是這卻是人們不大能夠踰越的障礙。也許需要外界的幫助吧。」

越來越多的穆斯林認識到，德國的非伊斯蘭教徒無法憑借自己的力量克服這道障礙。穆斯林社團應該更為積極地參與公眾生活，表明自己的立場。

阿克薩爾說：「我希望穆斯林更加積極地參與政治等各種活動，明確自己的權力，並為自己的權力而奮斗。目前，穆斯林在這方面幾乎無所作為。穆斯林實在太沉默了。為此，我們必須更積極，更努力，只有這樣才能消除人們的偏見，爭取更多的權利。」

在9.11二周年紀念日，德國政界許多人發表了講話。聯邦內政部長席利說，他不擔心二周年之際會發生恐怖活動，據德國安全部門估計，不存在某種「周年紀念日恐怖主義」活動的可能性。

巴伐利亞內政部長提出要在德國建立一個新的安全機制，即結合警察、情報機構和國防軍的力量。政治家們似乎盡可能避免「穆斯林恐怖主義」這樣容易引起誤解的用詞。然而，對恐怖主義的戒心乃至推而廣之對穆斯林的戒心仍然是存在的。