這座五層高的用鋼和玻璃建造的火車站是由71歲的德國著名建築師馮‧蓋爾坎設計的。這個火車站可謂是他的心血之作，更是一件藝術品。而建造好的火車站和實際設計並不相符。鐵路公司把地下層頂部漂亮的教堂風格的穹頂，改建成平板金屬層。馮‧蓋爾坎為此大為惱火，控告德國鐵路公司侵犯了他的智慧財產權。而鐵路公司給出的回答是:我們在對頂棚的改建之前和馮‧蓋爾坎已經進行過多次探討。

該公司新聞發言人克瑙爾先生介紹說:「這裡我們想解釋一個原則性的問題，那就是建築師有哪些權利，鐵路公司作為業主又有哪些權利。我們是業主，作為業主必須注意到經費問題，所以我們有權決定任用哪一位設計師。我們曾經多次請求他是否能找出一個節約的設計方案。但是他沒有遵守這個設計要求。我們的商談也沒有成功，在這種情況下鐵路公司當時又聘請了另一位設計師設計了現在地下層的頂棚。」

馮‧蓋爾坎的事務所是世界上最大的建築事務所之一，像是中國國家博物館、上海蘆湖新港、青島大劇院都是出自他的手筆。對於他的事務所來說，柏林新火車站的設計是腦力和心血結晶的藝術作品，而不是平庸的實用建築。他否定了鐵路公司給出的這番回答。

「事情不是這樣的。他們在我不知情的情況下，委託了其他設計師對我的設計進行了改動，這個舉動並沒有徵得我的同意。我們嘗試和鐵路公司共同找出一個合適的修改方案，但他們對我們做出的努力進行阻撓，而且不重視我們的想法。」

柏林新火車站地下層的頂棚，必須拆除後重建。而重建工作也要等到柏林高等法院作出的最後判決才能進行。鐵路公司稱，假如上訴失敗，重建需要4000萬歐元，花費3年時間。我們也不是印錢的機器，這些錢只能從顧客身上出。但馮‧蓋爾坎表示，那是鐵路公司哄抬價格，實際上工期根本用不了那麼長時間。「修建工程不會是3年時間，工程只需要數周。這對建築工作來說簡直就是小菜一碟。更換或是維修頂棚時再普通不過的施工了，根本不會影響旅客們進入火車站，或是影響鐵路公司正常營運。而且也不需要一下子把頂棚全拆了，可以分階段進行施工。不管怎樣施工只要幾周時間。」

馮‧蓋爾坎還表示，在建築業裡設計師和業主進行妥協是常有的事。可這次他卻被激怒了，因為現在火車站的頂部在他看來像是一個大型建材市場。他不理解為什麼鐵路公司採用了他的設計方案，但為了省錢未經同意就修改了設計。儘管如此，他對這次勝訴有很大信心。「我看鐵路公司的上訴也只不過是在拖延時間。他們想贏得更多的時間。因為等到法院最後判決結果出來，這個計劃的負責人大概應該退休了。」

為了省錢鐵路公司還修改了火車站地上層展台的玻璃穹頂，只建了130米長，比原設計短了一大塊。這對於觀看總理官邸的景觀來說也造成了影響。德國每日鏡報評論說，如果上訴失敗，這是鐵路公司領導的節約計劃導致的高昂後果。