日本政府公佈的消息稱，潛艇進入日本領海的時間很短，日本海軍沒有進行警告性開火。發現潛艇的地點在東京西南方約1600公里的沖繩島附近海域，距存有主權爭議的釣魚島不遠。日本媒體報導，日本海上自衛隊的一架P3C型反潛巡邏機最早發現了這艘入侵的潛艇，另一架偵察機以及兩艘護衛艦也被迅速派往事發地點。

日本媒體報導，日本政府認為這是一艘中國海軍的潛艇。但日本官房長官細田博之表示，還未確認潛艇來自哪個國家。日本首相小泉純一郎對這一事件表示遺憾，他說在日本領海發現不明國籍的潛艇，當然不是一件好事。

有消息說，海上自衛隊的動員命令，是在潛艇被發現3個小時後才下達的，那時潛艇已經離開了日本海域。在下達動員命令後，海軍艦只才有權開火進行自衛，以及強迫對方潛艇改變航向。

共同社援引日本軍方官員的話說，這艘潛艇可能發生了意外故障。海上自衛隊於上周五在出事地點附近偵察到兩艘中國海軍艦只，一艘是用於潛艇救援艦，另一艘是補給船。

日本海軍上一次緊急集結是在5年前，當時有一艘北韓間諜漁船進入了日本領海。通常由日本海岸警備隊處理此類事件，只有在政府確認威脅超出海岸警備隊的保護能力時，才會動員海上自衛隊。日本政府發言人稱，海上自衛隊的一架巡邏機仍在繼續跟蹤可疑潛艇。而日本媒體稱，該潛艇已駛往中國沿海方向。

發現潛艇的海域離尖閣群島，即中國所稱的釣魚島不遠。中國和日本對釣魚島的主權爭議由來已久，目前該群島處在日本的控制下，但中國大陸和台灣都稱自己對該島嶼擁有主權。

周二，中國強烈批評日本防衛廳發表的一份文件，該文件以中國為假想敵，為日本軍事發展確立目標。中國譴責日本軍方仍然保留著冷戰思維。兩周前，日本剛剛進行了一次國際海上軍事演習。不過，有日本官員明確表示，日本目前最擔心的是北韓。