以色列部長級會議決定對加薩地帶和約旦河西岸採取大規模的軍事行動，以期逮捕巴勒斯坦地下組織成員並收繳武器。周三結束的以色列安全內閣會議沒有進行表決，因為與會者原則上已就所有問題取得了一致。今後，以色列方面將不再指望阿拉法特。在以色列看來，阿拉法特已不再是正確的對象。

從12月12日晚，以色列開始了軍事行動。F16戰鬥機盤旋在加薩城上空，並向巴勒斯坦保安人員的辦公設施進行了射擊。約旦河西岸的一些目標也遭到空襲。巴勒斯坦方面的消息稱，周四凌晨，在納布盧斯，蓋勒吉利耶和傑寧附近有大規模軍隊活動。以色列的坦克已經向阿拉法特在拉馬拉的總部逼近並開了炮。消息還稱，圖爾卡姆部分地區已經重新被以軍佔領。在加薩地帶南部，以色列軍隊已經重新向巴勒斯坦自治區控制的地區挺進。

12月12日，約旦河西岸一輛以色列公共汽車遭巴勒斯坦極端分子襲擊，十人喪生。阿拉法特的發言人在對此的第一次表態中稱，想通過逮捕恐怖主義嫌疑犯來平息局勢是非常天真的想法。他說：

「我不認為阿拉法特主席手裡有根魔杖。現在的局勢不是逮捕50個人的問題。如果認為逮捕了100人或兩百人後局勢就平靜了，那真是太天真了。這場衝突是出於政治原因，因而也只能是進行政治解決，而不是通過安全防衛。」

巴勒斯坦領導人阿拉法特希望表明他是在認真地對待同極端分子作鬥爭的問題。阿拉法特頒布了命令，要求關閉地下組織哈馬斯和吉哈德的所有辦公室以及所有設施，包括福利設施和學校。這些措施是以色列方面長期以來所要求的。

巴勒斯坦自治機構譴責了12月12日的襲擊事件並表示，將投入全副力量追捕幕後策劃者。阿拉法特的一名顧問表示，阿拉法特周四凌晨在他的拉馬拉總部，試圖和各國政治家取得聯繫；以色列對巴勒斯坦地區的挺進必須受到阻擋。阿拉法特還要求聯合國安理會舉行緊急會議。

美國中東特派員津尼呼籲阿拉法特逮捕襲擊的幕後策劃者，摧毀恐怖分子的基本設施。津尼表示，和平共處和恐怖組織不可能並存。

周三下午晚些時候，三名恐怖分子對約旦河西岸一輛載有猶太定居者的公共汽車開槍掃射。據目擊者報告，當這輛公共汽車經過距猶太人定居點伊曼紐爾僅半公里處時，街邊發生炸彈爆炸。而後，襲擊者對公共汽車投擲手榴彈並開槍射擊。共有10人喪生，30多人受傷。在加薩地帶也發生了新的暴力事件。在一個猶太人定居點的一家旅館附近，兩個人製造了自殺性襲擊事件，但沒有造成極為嚴重的後果。除四人受傷外，喪生的「只有」兩名製造自殺性爆炸事件者。

據最新消息，以色列一名部長周四在耶路撒冷表示，以色列政府不允許阿拉法特離開拉馬拉。