阿富汗作為北約目前最大規模的駐外使命，仍是本次國防部長會議期間的核心議題。一方面，派駐當地的北約指揮官一如既往希望增派兵員裝備，尤其是增派培訓官以訓練阿富汗政府軍。但是，另一方面，鑑於鑑於駐阿士兵的安全環境越來越險惡，許多成員國已經不願意向阿富汗派兵，尤其不願意讓本國官兵前往不斷發生激戰的阿富汗南部。長期堅守當地的美國，英國以及加拿大籍士兵早已怨聲載道，認為其他成員國不肯分擔風險。由於空中運輸能力嚴重不足，北約甚至在考慮租用私人企業的直升飛機以解燃眉之急。

此外，兩個北約成員國之間目前出現了嚴重的分歧。土耳其方面堅持，該國有權對伊拉克北部庫爾德武裝人員實施軍事打擊。而美國人則對此堅決反對。他們擔心，伊拉克境內目前唯一一塊較為安定的土地將由此陷入混亂。美國國防部長蓋茨前不久接受英國廣播公司BBC採訪時曾呼籲土耳其方面保持克制。他說：「越界採取大規模軍事行動，即不符合土耳其的利益，也不符合美國和伊拉克的利益。」此後，土耳其政府的立場有所鬆動，但並沒有完全放棄。

另一項由來已久的爭執則是美國在東歐建立導彈防禦系統的計劃。美國方面稱此舉是為了防範來自伊朗等國的導彈襲擊。蓋茨曾多次試圖勸解莫斯科接受這一計劃，但均以失敗告終。俄羅斯方面認為，這一計劃是對該國的威脅。而擬定建立這一導彈防禦系統的國家－捷克和波蘭的部分民眾也對此計劃持懷疑態度。

前華沙條約國－波蘭和捷克已經成為北約成員國。而三個巴爾干國家－阿爾巴尼亞，克羅埃西亞以及馬其敦則在期盼早日加入北約。不過，上述三國必須進一步加快改革步伐，才能達到成員國標準。

而烏克蘭的情形則略有不同。親西方的尤先科總統目前已經得到政府的支持，但普通民眾對該國加入北約的計劃仍有嚴重的意見分歧。

此外，還有一個令北約非常難堪的議題，本次國防部長會議期間想必也會進行討論，即所謂北約快速反應部隊的問題。一年前，北約煞有其事地宣稱，快速反應部隊已組建完畢，隨時可以投入戰鬥。然而，一年過後，各成員國對這一快速反應部隊顯然已經沒有什麼興趣了。沒有人願意為這支部隊提供兵員和裝備，各方對這支部隊的宗旨和任務也無法達成共識。種種跡象顯示，快速反應部隊的計劃很有可能會不了了之，或者以形勢變化為由大幅度減小規模。