庭上辯論與協商是在不對外公開的情況下進行的。會後，雙方律師及台灣高院向媒體表示，當天協商的內容為驗票範圍、方式和流程。台灣高院堅持，驗票現場的藍綠兩大陣營代表必須具備律師身份。因此，高院要求雙方在本星期五之前將出席驗票的律師人數上報高院。

雙方就驗票範圍達成了共識：全部有效票和無效票、剩餘空白票、投票及開票報告單和計票記錄都在驗票範圍之內。對選舉人名冊和回國投票選舉人統計表也要進行檢驗。

儘管藍綠雙方律師團就驗票達成了多項共識，但雙方對驗票認定和驗票人員等細節還有不同看法。高院要求雙方在本月16日以前，將各自具體意見書面呈報。高院合議庭估計，最早要到五月中旬，全部準備工作完畢後才能開始驗票。藍營律師團則認為，一個月內應能完成驗票工作。

在驗票人員問題上，綠營律師團代表轉述高院的決定說，在場驗票人員必須具有律師或實習律師的身份，不能由政黨工作人員替代。雙方須提前將準備參與驗票的律師人數上報法院，由高院確定驗票的人數和人員。

另外，高院選舉法庭還將制訂一套統一的驗票標準和具體做法，舉辦講習班，培訓驗票工作人員。各縣市參與驗票的人員要到台北參加講習班、進行模擬及演練。所以，最快要到五月中旬才能開始全面驗票。

藍營律師團的代表表示，這次驗票是「全面實質驗票」，現在就可以核對投票人數和實際票數，並逐一檢驗先前各地選舉的不實投票情況，將查出的疑點提請法官調查檢驗。全部驗票工作應能在一個月內完成。

根據台灣高等法院與兩大陣營的協商結果，高院將委託各地方法院協助進行驗票工作。驗票人員由法院人員及兩派律師代表組成。驗票地點由地方法院與中選會協商後確定。